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J-GLOBAL ID：202202234500506407   整理番号：22A0803008

Knodus borki(コイ目:Characidae)のミトソーム:ゲノム特性化と系統発生解析【JST・京大機械翻訳】

Mitogenome of Knodus borki (Cypriniformes: Characidae): genomic characterization and phylogenetic analysis

著者 (7件)： Sun Cheng-He (Department of Ecology and Institute of Hydrobiology, Jinan University, Guangzhou, China) ,  Zhang Ya-Nan (Department of Ecology and Institute of Hydrobiology, Jinan University, Guangzhou, China) ,  Zeng Xiao-Shu (Department of Ecology and Institute of Hydrobiology, Jinan University, Guangzhou, China) ,  Liu Da-Wei (Forest Police Identification Center of National Forestry Administration, Nanjing Forest Police College, Nanjing, China) ,  Huang Qi (Department of Ecology and Institute of Hydrobiology, Jinan University, Guangzhou, China) ,  Zhang Xiao-Li (Department of Ecology and Institute of Hydrobiology, Jinan University, Guangzhou, China) ,  Zhang Qun (Department of Ecology and Institute of Hydrobiology, Jinan University, Guangzhou, China)
資料名： Molecular Biology Reports  (Molecular Biology Reports)
巻： 49  号： 3  ページ： 1741-1748  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4741A  ISSN： 1573-4978  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:家族CharacidaeにおけるKnoduの分類学的状態は,まだ明らかではない。本研究は,2008年,Knodu borki Zarskeの配列決定と注釈付けによってこれに対処することを目的とした。材料と結果:K.borki Zarske,2008をHiseqプラットフォームを用いて配列決定し,完全なマイトジェンをSPAdes v3.15.2とSOAPdenov2 v.2.01に組み立てた。Knodu属の最初の配列決定種,Guangzhou(広州)からのK.borkiのミトゲノムは,長さ16,837bpであり,13の蛋白質コード遺伝子(PCGs),2つのリボソーム(r)RNA,22の移動(t)RNA,および1つのDループを含んでいる。これらの37遺伝子のうち,28は重鎖によりコードされ,9は軽鎖によりコードされた。tRNAの21は,ジヒドロウリジン腕を欠くtRNA-Ser1を除き,典型的なクローバ葉二次構造を形成できる。すべてのPCGsは,COI(GTG)を除いて,同じ開始コドン(ATG)を有する。4つのPCG(ND1,ATP8,ND4L,およびND5)は,停止コドンとしてTAAを持ち,ND6は停止コドンとしてTAGを持ち,COIは停止コドンとしてAGGを持ち,残りの7つの遺伝子はTA-/T-(ND2,COIII,ND3,ND4,およびCyt b)の不完全な停止コドンをTA-としてT-,ATP6として持つ。系統発生分析は,K.borkiがCharacidaeに属することを示した。結論:著者らの知見は,K.borkiが形態学的同定との整合性により,Characidaeに属することを示した。本研究は,Knodus属の系統発生に関するさらなる研究およびCharacidaeの分類学的状態の解析のための分子情報を提供する。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature B.V. 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  tRNA ,  遺伝子 ,  クローバ ,  タンパク質 ,  *系統発生 ,  *ゲノム ,  二次構造 ,  マイトジェン ,  リボソーム ,  重鎖 ,  軽鎖 ,  *コイ類 ,  終止コドン ,  アノテーション

著者キーワード (4件)： ミトコンドリアゲノム ,  シャジクモ科 ,  Knodus borki ,  系統発生

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： コイ目 ,  ゲノム ,  特性化 ,  系統発生 ,  解析