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J-GLOBAL ID：202202234641327602   整理番号：22A1084983

パンゲノムにおけるコアと必須遺伝子を同定するための機械学習アプローチ【JST・京大機械翻訳】

Machine learning approaches to identify core and dispensable genes in pangenomes

著者 (4件)： Yocca Alan E. (Dep. of Plant Biology, Michigan State Univ., East Lansing, MI, 48824, USA) ,  Yocca Alan E. (Dep. of Horticulture, Michigan State Univ., East Lansing, MI, 48824, USA) ,  Edger Patrick P. (Dep. of Horticulture, Michigan State Univ., East Lansing, MI, 48824, USA) ,  Edger Patrick P. (Genetics and Genome Sciences Program, Michigan State Univ., East Lansing, MI, 48824, USA)
資料名： Plant Genome  (Plant Genome)
巻： 15  号： 1  ページ： e20135  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5739A  ISSN： 1940-3372  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 与えられた分類群の遺伝子は,各個体(コア)に存在するか,少なくとも単一の個体(重要でない)に存在しない。以前のパンゲノム研究は,コアとディスペンサブル遺伝子の間の特定の機能的差異を同定した。しかし,ゲノムのコアまたは不必要な部分に属する遺伝子の同定は,多くの個体のゲノムの配列決定を含むパンゲノムの構築を必要とする。ここでは,2つの草種[Brachypodium distachyon(L.)P.Beauv.とOryza sativa L.]に対する以前に特性化されたコアとディスペンサブルな遺伝子含有量を利用して,単一注釈付参照ゲノムのみを用いて,コアとして遺伝子を正確に分類できる機械学習モデルの構築と,Oryza sativa L.の遺伝子量の利用を目標とすることを目指した。” 2つの草種[Brachypodium distachyon(L.)P.Beauv.とOryza sativa L.]。そのようなモデルは,特に適切なゲノム資源を欠いているオーファン作物における高価なハードルであるパンゲノム構築の必要性を緩和する可能性がある。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 農作物 ,  *遺伝子 ,  イネ ,  *ゲノム ,  キャラクタリゼーション ,  コピー数 ,  *ハウスキーピング遺伝子 ,  *機械学習 ,  アノテーション
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  ディスペンサ ,  分類群 ,  ゲノム構造 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： パン ,  ゲノム ,  コア ,  必須遺伝子 ,  同定 ,  機械学習