文献

J-GLOBAL ID：202202235664514099   整理番号：22A1081574

蛋白質データバンクにおけるアニオン-芳香族相互作用のマイニング【JST・京大機械翻訳】

Mining anion-aromatic interactions in the Protein Data Bank

著者 (5件)： Kuzniak-Glanowska Emilia (Faculty of Chemistry, Jagiellonian University, Gronostajowa 2, 30-387 Krakow, Poland. [e-mail]) ,  Glanowski Michal ,  Kurczab Rafal ,  Bojarski Andrzej J. ,  Podgajny Robert
資料名： Chemical Science (Web)  (Chemical Science (Web))
巻： 13  号： 14  ページ： 3984-3998  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7042A  ISSN： 2041-6539  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アニオン-芳香族モチーフにおける相互位置決定と非共有相互作用は生体系の機能性能に重要である。この文脈において,様々な科学的観点と個々の臨界分析を含む規則的で包括的な蛋白質データバンク(PDB)スクリーニングは,最も重要である。全5および6員芳香環のまわりの5Åの半径を有する球中のアニオンの解析は,PDB中の171588構造ファイルから92660構造を含む555259のユニークなアニオン-芳香族モチーフを区別することを可能にした。ほとんど利用されていない(x,h)座標系の使用は,(i)モチーフ蓄積の3つの別々の領域の同定につながった:環,環-置換基結合のB-過剰結合,および芳香環の平面におけるC-粗さ,および(ii)これらの領域に位置する種々のアニオン-芳香族モチーフの前例のない同時比較記述。考察した種々の残基,すなわちアミノ酸,ヌクレオチド,およびリガンドのうち,後者の2つは,領域Avia aarchtypalアニオン-π接触に位置するかなりの傾向を示した。適用したモデルは,環の周りの空間の統計的定量分析を可能にするだけでなく,詳細な配列および二次構造分析,例えばRNAおよび蛋白質螺旋構造におけるGNRAテトラループにおけるアニオン-π相互作用,の議論を可能にした。本研究の純粋に実用的な課題として,PDB研究のための新しいコード源が生産され,試験され,自由に利用可能になった。Copyright 2022 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  生体系 ,  構造 ,  定量分析 ,  ヘリックス構造 ,  アミノ酸 ,  RNA【核酸】 ,  *タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  臨界 ,  時間比較 ,  二次構造 ,  *アニオン ,  スクリーニング
準シソーラス用語： 残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  環化反応,開環反応  (CF02050I) ,  その他の2ヘテロ原子以上の五員複素環化合物  (CF07085F) ,  付加反応,脱離反応  (CF02030M)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質データバンク ,  アニオン ,  芳香族 ,  相互作用