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J-GLOBAL ID：202202235698161380   整理番号：22A0450223

水素/重水素交換質量分析およびバイオインフォマティクス技術によるALS-causing変異体プロフィリン-1における構造的および立体配座変化の検出【JST・京大機械翻訳】

Detection of structural and conformational changes in ALS-causing mutant profilin-1 with hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry and bioinformatics techniques

著者 (13件)： Sadr Ahmad Shahir (Medicinal Plants and Drugs Research Institute, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Sadr Ahmad Shahir (Computer Science Department, Mathematical Sciences Faculty, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Abdollahpour Zahra (Medicinal Plants and Drugs Research Institute, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Aliahmadi Atousa (Medicinal Plants and Drugs Research Institute, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Eslahchi Changiz (Computer Science Department, Mathematical Sciences Faculty, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Eslahchi Changiz (School of Biological Sciences, Institute for Research in Fundamental Sciences (IPM), Tehran, Iran) ,  Nekouei Mina (Medicinal Plants and Drugs Research Institute, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Kiaei Lily (RockGen Therapeutics, LLC, Little Rock, AR, USA) ,  Kiaei Mahmoud (Department of Pharmacology and Toxicology, College of Medicine, University of Arkansas for Medical Sciences, Little Rock, AR, USA) ,  Kiaei Mahmoud (Department of Neurology, College of Medicine, University of Arkansas for Medical Sciences, Little Rock, AR, USA) ,  Kiaei Mahmoud (Department of Geriatrics, College of Medicine, University of Arkansas for Medical Sciences, Little Rock, AR, USA) ,  Kiaei Mahmoud (RockGen Therapeutics, LLC, Little Rock, AR, USA) ,  Ghassempour Alireza (Medicinal Plants and Drugs Research Institute, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran)
資料名： Metabolic Brain Disease  (Metabolic Brain Disease)
巻： 37  号： 1  ページ： 229-241  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4728A  ISSN： 0885-7490  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水素/重水素交換(HDX)は,蛋白質とエピトープマッピングの動的挙動を調査する信頼できる方法である。マトリックス支援レーザ脱離イオン化-飛行時間質量分析(MALDI-TOF MS)は,興味ある蛋白質中のHDX分析のための定量ツールである。HDX-MALDI-TOF MSと分子ドッキング/MDシミュレーションを組み合わせて,アクセス可能なアミノ酸を同定し,プロフィリン-1(PFN-1)の構造変化へのそれらの寄与を分析した。分子ドッキング/MDシミュレーションは,最低結合エネルギー条件下で同定されたHDXを介して関与するアミノ酸のタイプの分析を可能にする計算ツールである。バリンアミノ酸(G117V)置換変異に対するグリシンは筋萎縮性側索硬化症(ALS)と関連する。この変異はPFN-1のアクチン結合部位にあり,アクチンの二量化/重合を防ぎ,ALSをもたらす病理学的毒性を招いた。本研究では,精製野生型および変異PFN-1蛋白質を用いてPFN-1蛋白質の動的挙動を理解することを試みた。種々の時間間隔でのPFN-1WTとPFN-1G117VのHDX-MALDI-TOF MSから得たデータは,数秒から数時間まで,単量体から多量体への分子量に対応する多重ピークを明らかにした。PFN-1/ベンズアルデヒド複合体は,WTと変異体PFN-1の表面でのドッキングシミュレーションに関与するHDXに20のアクセス可能なアミノ酸を同定した。HDX-MALDI-TOF MSとドッキングシミュレーションからの一貫した結果は,PFNG117Vの二量化/重合に関与する候補アミノ酸(s)を予測する。この情報は,変異体PFN-1sの二量化,オリゴマー化,および凝集のためのアミノ酸エピトープの詳細による構造的および配座転移に決定的な光を投げかけるかもしれない。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *質量分析 ,  脱着 ,  二量化 ,  アミノ酸 ,  アクチン ,  単量体 ,  結合部位 ,  複合体 ,  オリゴマ化 ,  多量体 ,  野生型 ,  エピトープ ,  *プロフィリン【タンパク質】
準シソーラス用語： *バイオインフォマティクス ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ALS ,  PFN-1 ,  HDX ,  MALDI-TOF MS ,  MDシミュレーション ,  ドッキングシミュレーション

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  質量分析  (CC03013N)

タイトルに関連する用語 (8件)： 水素 ,  重水素 ,  質量分析 ,  バイオインフォマティクス ,  ALS ,  変異体 ,  プロフィリン ,  立体配座変化