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J-GLOBAL ID：202202236240232024   整理番号：22A1041172

ブタにおけるインフルエンザAウイルスの分子特性化におけるゲノム配列技術のレビュー【JST・京大機械翻訳】

Review of genome sequencing technologies in molecular characterization of influenza A viruses in swine

著者 (2件)： Chauhan Ravendra P. (School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa) ,  Gordon Michelle L. (School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa)
資料名： Journal of Veterinary Diagnostic Investigation  (Journal of Veterinary Diagnostic Investigation)
巻： 34  号： 2  ページ： 177-189  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1757A  ISSN： 1040-6387  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ブタにおけるインフルエンザAウイルス(IAV)ゲノムの急速に進化する抗原多様性は,新たな新規株を検出し,それらの循環を追跡することが必須である。ブタIAVゲノムのサブタイピングと特性化に用いる配列決定技術をレビューした。Google Scholar,PubMed,および国際ヌクレオチド配列データベース検索(INSDC)データベース検索は,Sanger,第2および第3世代配列決定技術をサブタイプに利用し,ブタIAVゲノムを31月2021日まで特徴づける216の研究を同定した。サンガージデオキシ配列決定は,世界的にブタで完全長(43.0%)または部分的(31.0%)IAVゲノムを生成するため,最も広く使用された配列決定法であった。しかし,過去10年間,Illuminaのような他の配列決定プラットフォームはブタIAVの全ゲノム配列の発生に対する重大な競争者として出現している。部分的HAとNA遺伝子配列はブタIAVサブタイプを決定するのに十分であったが,全ゲノム配列は再集合の決定と異常または低頻度のIAVサブタイプの同定に重要であった。サンガーと第二世代シークエンシング技術の組合せは,ブタIAV特性化も大きく改善した。さらに,急速に進化する第三世代配列決定プラットフォーム,MinIONは,完全なブタIAVゲノムのオンサイト,リアルタイム配列決定に有望と思われる。より高い生読取精度により,MinIONの使用は圃場でのブタIAV試験のスケーラビリティを増強し,ブタIAV疾患発生応答を強化することができた。Copyright 2022 The Author(s) Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 抗原 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ブタ ,  *ゲノム ,  遺伝学実験技術 ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： 配列解析 ,  Google ,  *ゲノム配列 ,  遺伝子配列 ,  実時間 ,  分子特性解析 ,  データベース検索 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： IAVサブタイピング ,  IAVサーベイランス ,  インフルエンザAウイルス ,  ミニオン次世代シークエンシング ,  危険配列決定 ,  ブタIAV配列決定 ,  全ゲノム配列決定

分類 (5件)： ウイルスによる動物の伝染病  (FE02024R) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： ブタ ,  インフルエンザAウイルス ,  分子特性 ,  ゲノム配列 ,  レビュー