突然変異由来長鎖非コードRNAシグネチャーは肺腺癌の生存を予測する【JST・京大機械翻訳】

Yang Longjun; Yang Longjun; Guo Guangran; Guo Guangran; Yu Xiangyang; Wen Yingsheng; Wen Yingsheng; Lin Yongbin; Lin Yongbin; Zhang Rusi; Zhang Rusi; Zhao Dechang; Zhao Dechang; Huang Zirui; Huang Zirui; Wang Gongming; Wang Gongming; Yan Yan; Yan Yan; Zhang Xuewen; Zhang Xuewen; Chen Dongtai; Chen Dongtai; Xing Wei; Xing Wei; Wang Weidong; Zeng Weian; Zeng Weian; Zhang Lanjun; Zhang Lanjun

文献

J-GLOBAL ID：202202236682956354 整理番号：22A1025373

突然変異由来長鎖非コードRNAシグネチャーは肺腺癌の生存を予測する【JST・京大機械翻訳】

Mutation-Derived Long Noncoding RNA Signature Predicts Survival in Lung Adenocarcinoma

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資料名：
巻： 12 ページ： 780631 発行年： 2022年
JST資料番号： U7089A ISSN： 2234-943X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

背景:ゲノム不安定性は癌進化の代表的な特徴の一つである。最近の研究では,長い非コードRNA(lncRNA)がゲノム不安定性の維持に重要な役割を果たすことを明らかにした。ゲノム不安定性の指数としてlncRNAシグネチャの可能性を調べるためにゲノム不安定性由来lncRNAに基づく遺伝子シグネチャ(GILncSig)を提案し,ゲノム不安定性関連癌バイオマーカーを同定するための潜在的新アプローチを提供した。【方法】RNA-seq FPKMデータセット,体細胞突然変異情報および関連臨床材料からの肺腺癌(LUAD)遺伝子発現データを,癌ゲノムアトラス(TCGA)からダウンロードした。GILncSigと呼ばれるゲノム不安定性関連lncRNAから成る予後モデルを構築し,リスクスコアを計算した。遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースからのデータを用いてGILncSigを検証した。本研究では,データ解析のためにRソフトウェアを使用した。【結果】単変量および多変量Cox回帰分析を通して,5つのゲノム不安定性関連lncRNA(LINC01671,LINC0116,LINC01214,lncRNA PTCSC3,およびLINC02555)を同定した。ゲノム不安定性に関連するlncRNAシグネチャ(GILncSig)を構築した。LUAD患者をGILncSigにより2つのリスク群に分けた。結果は,低リスク群におけるLUAD患者の生存率は,高リスク群におけるそれらより高かったことを示した。次に,GEOデータベースにおけるGILncSigを検証した。GILncSigはLUADのゲノム突然変異率と関連していた。GILncSigを用いてTP53変異体型患者とTP53野生型患者を2群に分け,予後解析を行った。結果は,TP53突然変異状態と比較して,GILncSigがより良い予後有意性を持つかもしれないことを示唆した。結論:体細胞変異と関連するlncRNA発現プロファイルとLUADの対応する臨床的特徴を結合することにより,ゲノム不安定性に関連するlncRNAシグネチャ(GILncSig)を確立した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現 , 遺伝子の構造と化学

引用文献 (48件)：

Herbst RS, Morgensztern D, Boshoff C. The Biology and Management of non-Small Cell Lung Cancer. Nature (2018) 553(7689):446-54. doi: doi: 10.1038/nature25183
Duma N, Santana-Davila R, Molina JR. Non-Small Cell Lung Cancer: Epidemiology, Screening, Diagnosis, and Treatment. Mayo Clin Proc (2019) 94(8):1623-40. doi: doi: 10.1016/j.mayocp.2019.01.013
Negrini S, Gorgoulis VG, Halazonetis TD. Genomic Instability-an Evolving Hallmark of Cancer. Nat Rev Mol Cell Biol (2010) 11(3):220-8. doi: doi: 10.1038/nrm2858
Duijf PHG, Nanayakkara D, Nones K, Srihari S, Kalimutho M, Khanna KK. Mechanisms of Genomic Instability in Breast Cancer. Trends Mol Med (2019) 25(7):595-611. doi: doi: 10.1016/j.molmed.2019.04.004
Geng W, Lv Z, Fan J, Xu J, Mao K, Yin Z, et al. Identification of the Prognostic Significance of Somatic Mutation-Derived LncRNA Signatures of Genomic Instability in Lung Adenocarcinoma. Front Cell Dev Biol (2021) 9:657667:657667. doi: doi: 10.3389/fcell.2021.657667

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