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J-GLOBAL ID：202202236704068182   整理番号：22A0297408

公共リポジトリからのバーコード配列の網羅的再解析は進行中の誤同定を強調し,分類群の多様性と分布に影響する【JST・京大機械翻訳】

Exhaustive reanalysis of barcode sequences from public repositories highlights ongoing misidentifications and impacts taxa diversity and distribution

著者 (20件)： Fort Antoine (National University of Ireland - Galway, Plant Systems Biology Laboratory, Ryan Institute & MaREI Centre for Marine, Climate and Energy, School of Natural Sciences, Galway, Ireland) ,  McHale Marcus (National University of Ireland - Galway, Plant Systems Biology Laboratory, Ryan Institute & MaREI Centre for Marine, Climate and Energy, School of Natural Sciences, Galway, Ireland) ,  Cascella Kevin (CNRS, Sorbonne Universite Sciences, UMR 8227, Integrative Biology of Marine Models, Station Biologique de Roscoff, Roscoff, France) ,  Potin Philippe (CNRS, Sorbonne Universite Sciences, UMR 8227, Integrative Biology of Marine Models, Station Biologique de Roscoff, Roscoff, France) ,  Perrineau Marie-Mathilde (Scottish Association for Marine Science (SAMS), Scottish Marine Institute, Oban, UK) ,  Kerrison Philip D. (Scottish Association for Marine Science (SAMS), Scottish Marine Institute, Oban, UK) ,  da Costa Elisabete (CESAM & LAQV-REQUIMTE, Department of Chemistry, University of Aveiro, Campus Universitario de Santiago, Aveiro, Portugal) ,  Calado Ricardo (ECOMARE & CESAM, Departamento de Biologia & Universidade de Aveiro, Campus Universitario de Santiago, Aveiro, Portugal) ,  Domingues Maria do Rosario (CESAM & LAQV-REQUIMTE, Department of Chemistry, University of Aveiro, Campus Universitario de Santiago, Aveiro, Portugal) ,  Costa Azevedo Isabel (CIIMAR/CIMAR, Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research, Novo Edificio do Terminal de Cruzeiros do Porto de Leixoees, Matosinhos, Portugal) ,  Sousa-Pinto Isabel (CIIMAR/CIMAR, Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research, Novo Edificio do Terminal de Cruzeiros do Porto de Leixoees, Matosinhos, Portugal) ,  Sousa-Pinto Isabel (Department of Biology, Faculty of Sciences, University of Porto, Matosinhos, Portugal) ,  Gachon Claire (Scottish Association for Marine Science (SAMS), Scottish Marine Institute, Oban, UK) ,  Gachon Claire (UMR 7245 - Molecules de Communication et Adaptation des Micro-organismes, Museum National d’Histoire Naturelle, CNRS, Paris, France) ,  van der Werf Adrie (Wageningen University & Research, Wageningen, The Netherlands) ,  de Visser Willem (Wageningen University & Research, Wageningen, The Netherlands) ,  Beniers Johanna E. (Wageningen University & Research, Wageningen, The Netherlands) ,  Jansen Henrice (Wageningen University & Research, Wageningen, The Netherlands) ,  Guiry Michael D. (AlgaeBase, Ryan Institute, National University of Ireland, Galway, Ireland) ,  Sulpice Ronan (National University of Ireland - Galway, Plant Systems Biology Laboratory, Ryan Institute & MaREI Centre for Marine, Climate and Energy, School of Natural Sciences, Galway, Ireland)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 1  ページ： 86-101  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正確な種同定は,調査した個体(s)のバーコード配列を分類学的に割り当てられた配列と比較するために,しばしば公共リポジトリに依存する。しかし,公共リポジトリにおける同定の精度はしばしば疑問であり,最初に与えられた名前はめったに更新されていない。例えば,Sea thetuceの種(Ulva spp.;Ulvophyceae,Ulvales,Ulvaceae)は,薬草と遺伝子バンクを含む公共リポジトリで頻繁に誤って同定され,伝統的なバーコーディング信頼性に基づく種同定を行う。著者らは,3つの遺伝子座(rbcL,tufA,ITS1)のために北-東大西洋からUlvaの295の個々の逆説的foliose菌株をDNAバーコード化した。7つの明確な種を見出し,3つのバーコードrbcL,tufAおよびITS1に対するNCBIデータベースに存在する全世界Ulva spp.配列と比較した。著者らの結果は,種誤同定の大きな度合いを示し,ここでは,ホリオース種に関連するエントリの24%~32%が誤って,NCBI配列再注釈の網羅的リストを提供すると見積もる。フリース種からの登録試料の地球規模分布の分析は,いくつかの種に対する地理的隔離の可能性,および北ヨーロッパからのU.lactucaの不在も示す。この分析フレームワークを3つの他の属,Fucus,PorphyraおよびPyropiaに拡張し,また,Ulva spp.に対するよりも少ないが,バーコード配列のライブラリーの凝集による網羅的分類学的解明は,誤注釈を明らかにし,種多様性および分布の改善された表現を送達した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 信頼性 ,  データベース ,  分類 ,  薬用植物 ,  系統発生 ,  アオサ ,  遺伝子座 ,  アマノリ属 ,  *バーコード ,  生物多様性 ,  アノテーション ,  *リポジトリ
準シソーラス用語： 種判別 ,  分類学 ,  DNAバーコード ,  バーコーディング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 水産養殖 ,  DNAバーコード化 ,  系統発生 ,  海のレタス ,  Ulva

分類 (2件)： 植物分類学  (EH01030N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： リポジトリ ,  バーコード ,  再解析 ,  分類 ,  多様性 ,  分布