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J-GLOBAL ID：202202237456280760   整理番号：22A0432545

Peste des petits反芻動物ウイルスのマトリックスと融合蛋白質遺伝子間のGCリッチ領域のヌクレオチド増幅と配列決定【JST・京大機械翻訳】

Nucleotide amplification and sequencing of the GC-rich region between matrix and fusion protein genes of peste des petits ruminants virus

著者 (7件)： Kinimi Edson (SACIDS Africa Centre of Excellence for Infectious Diseases, SACIDS Foundation for One Health, Sokoine University of Agriculture, P.O. Box 3297, Morogoro, Tanzania) ,  Kinimi Edson (Department of Veterinary Physiology, Biochemistry and Pharmacology, College of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, Sokoine University of Agriculture, P.O. Box 3017, Morogoro, Tanzania) ,  Kinimi Edson (Department of Veterinary Microbiology, Parasitology and Biotechnology, College of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, Sokoine University of Agriculture, P.O. Box 3019, Morogoro, Tanzania) ,  Hakizimana Jean Nepomuscene (SACIDS Africa Centre of Excellence for Infectious Diseases, SACIDS Foundation for One Health, Sokoine University of Agriculture, P.O. Box 3297, Morogoro, Tanzania) ,  Hakizimana Jean Nepomuscene (Department of Veterinary Microbiology, Parasitology and Biotechnology, College of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, Sokoine University of Agriculture, P.O. Box 3019, Morogoro, Tanzania) ,  Misinzo Gerald (SACIDS Africa Centre of Excellence for Infectious Diseases, SACIDS Foundation for One Health, Sokoine University of Agriculture, P.O. Box 3297, Morogoro, Tanzania) ,  Misinzo Gerald (Department of Veterinary Microbiology, Parasitology and Biotechnology, College of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, Sokoine University of Agriculture, P.O. Box 3019, Morogoro, Tanzania)
資料名： Journal of Virological Methods  (Journal of Virological Methods)
巻： 300  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0807B  ISSN： 0166-0934  CODEN： JVMEDH  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Peste des petits ruminant virus(PPRV)は,ヒツジとヤギの高度に壊滅的な疾患を引き起こし,小さな野生反芻動物の保存を脅かす。PPRVワクチン,診断および治療法の開発は,詳細なゲノムデータに大きく依存している。しかし,PPRVのマトリックス(M)と融合(F)遺伝子間の高グアニン-シトシン(GC)含量はプライマー設計とヌクレオチド増幅の両方に対して困難であった。順番に,これは,この領域における非存在または低ヌクレオチド配列被覆をもたらした。これは,ウイルス進化を推論するのを助けることができるゲノムの重要な部分を欠くリスクをもたらす。ここでは,nexus勾配ポリメラーゼ鎖反応(PCR)を用いてM-F遺伝子接合間のGCリッチフラグメントを増幅するため,重複する長読取プライマーに基づく増幅戦略を開発した。得られたアンプリコンをジデオキシヌクレオチドサイクル配列決定により配列決定し,GenBankで利用可能な他のPPRVヌクレオチド配列と比較した。本知見は,アガロースゲル電気泳動におけるGCリッチフラグメントの予想サイズを有する明確なPCR増幅産物を示した。これらの断片の配列決定結果は,PPRV株KY628761と99.5%のヌクレオチド同一性を示した。67.4%のGC含有量の非常に困難なPCR標的を,この長読取プライマー法を用いて増幅して,配列決定した。長読取プライマーセットは,PPRVの完全なゲノム配列決定のためにマルチプレックスPCRをタイリングする際に使用できる。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 被覆 ,  *遺伝子 ,  *ヌクレオチド ,  ヌクレオチド配列 ,  *反芻動物 ,  ワクチン ,  ゲノム ,  タイル工事 ,  *融合タンパク質 ,  PCR法
準シソーラス用語： GenBank ,  アンプリコン ,  マルチプレックスPCR ,  ゲノム配列 ,  ウイルス進化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Peste des petits ruminants virus ,  GC-rich ,  Long-read primer ,  Gradient PCR ,  Illumina ,  Nanopore

分類 (1件)： ウイルスによる動物の伝染病  (FE02024R)

タイトルに関連する用語 (9件)： DES ,  反芻 ,  動物 ,  ウイルス ,  マトリックス ,  融合蛋白質 ,  GC ,  ヌクレオチド ,  増幅