文献

J-GLOBAL ID：202202237621680336   整理番号：22A0980150

蛋白質構造予測のための接触ベーススコアリング機能の調整【JST・京大機械翻訳】

Tailoring Contact Based Scoring Functions for Protein Structure Prediction

著者 (5件)： Zaman Rianon (School of ICT, Griffith University, Brisbane, Australia) ,  Newton M. A. Hakim (IIIS, Griffith University, Brisbane, Australia) ,  Mataeimoghadam Fereshteh (School of ICT, Griffith University, Brisbane, Australia) ,  Sattar Abdul (School of ICT, Griffith University, Brisbane, Australia) ,  Sattar Abdul (IIIS, Griffith University, Brisbane, Australia)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 13151  ページ： 155-168  発行年： 2022年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質構造予測(PSP)はバイオインフォマティクスにおける挑戦である。蛋白質アミノ酸配列を考えると,PSPは最小自由エネルギーを持つ三次元天然構造の発見を含む。残念ながら,探索空間は天文学であり,エネルギー関数は知られていない。多くのPSP探索アルゴリズムは,天然構造における距離が与えられた閾値内にある場合,2つの残基が接触していると言われているアミノ酸残基対間の予測接触を用いて,スコアリング関数として知られる自身のプロキシエネルギー関数を開発する。生成構造の評価を可能にするので,スコーリング関数は探索ガイダンスにとって重要である。残念なことに,既存の接触ベースのスコアリング関数は,直接比較されておらず,それらのうちの1つが最良である。本論文では,ベンチマーク蛋白質の同じセットに関する同じPSP探索フレームワークの中で,多数の既存の接触ベーススコアリング関数を評価した。さらに,多くの接触ベーススコアリング関数変異体も提案した。提案の接触ベースのスコアリング関数は,接触ベースのスコアリング関数を使用する既存の最先端のPSP探索アルゴリズム,CGLFOLDを,著しく上回る探索アルゴリズムを助ける。CGLFOLDより[数式:原文を参照]平均RMSDと0.01平均GDT値改善を得た。Copyright Springer Nature Switzerland AG 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *予測技法 ,  関数 ,  天文学 ,  アミノ酸配列 ,  *タンパク質 ,  三次元 ,  ベンチマーク ,  スコーリング ,  アミノ酸残基
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  エネルギー関数 ,  探索アルゴリズム ,  残基 ,  *蛋白質構造予測 ,  スコア関数 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 蛋白質構造予測 ,  探索ベース最適化 ,  接触ベースエネルギー関数

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (2件)： 蛋白質構造予測 ,  スコアリング