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J-GLOBAL ID：202202238099368235   整理番号：22A0974294

RNA共転写折畳みの予測に向けた景観ズーミング【JST・京大機械翻訳】

Landscape Zooming toward the Prediction of RNA Cotranscriptional Folding

著者 (4件)： Xu Xiaojun (Institute of Bioinformatics and Medical Engineering, Jiangsu University of Technology, Jiangsu, China) ,  Jin Lei (Department of Physics, Department of Biochemistry, and Institute of Data Science and Informatics, University of Missouri, Missouri, United States) ,  Xie Liangxu (Institute of Bioinformatics and Medical Engineering, Jiangsu University of Technology, Jiangsu, China) ,  Chen Shi-Jie (Department of Physics, Department of Biochemistry, and Institute of Data Science and Informatics, University of Missouri, Missouri, United States)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 18  号： 3  ページ： 2002-2015  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA分子は転写されるので折畳まれる。RNAの転写折畳みは,in vivoでRNA機能で重要な役割をする。現在の計算戦略は,大きな構造変化が完全にサンプリングされないシミュレーションに焦点を当てる。ここでは,RNA折畳みエネルギー景観の内と外でズーミングによる共転写RNA折畳みを予測する代替アプローチについて述べた。長,安定ヘリックスに基づくRNA構造アンサンブルを「分割」に分類することにより,著者らは,景観からズームアウトし,相互分割動力学ネットワークから全体の遅い折畳み動力学を予測し,各相互分配遷移に対して,著者らは,景観にズームして,動力学をシミュレーションした。117ヌクレオチドE.coli SRP RNAと59ヌクレオチドHIV-1 TAR RNAへのモデルの応用は,実験データおよびこれらの重要な系に対する生物学的に重要な立体配座スイッチと経路への新しい構造的および速度論的洞察との一致を示した。異なる解像度でのRNA折畳み景観のイン/アウトによるこのアプローチは,転写休止,転写速度および他のin vivo効果でin vivoで大きなRNAを治療することを可能にする。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 立体配座 ,  エネルギー ,  ネットワーク ,  分解能 ,  *RNA【核酸】 ,  ヌクレオチド ,  *折畳み ,  速度論 ,  HIV1
準シソーラス用語： 画像拡大 ,  構造変化 ,  *共転写 ,  RNA折畳み ,  RNA構造 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： RNA ,  共転写 ,  折畳み ,  予測 ,  景観 ,  ズーミング