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J-GLOBAL ID：202202238416354719   整理番号：22A0943197

イネの異なる枝に局在したカリオプの差次的発育に関与する長鎖非コードRNAとそれらのホルモン関連近傍コード遺伝子のトランスクリプトーム同定【JST・京大機械翻訳】

Transcriptomic identification of long noncoding RNAs and their hormone-associated nearby coding genes involved in the differential development of caryopses localized on different branches in rice

著者 (12件)： Wang Hanmeng (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Chu Zhilin (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Chang Shu (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Jia Shenghua (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Pang Lu (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Xi Chao (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Liu Jin (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Zhao Heping (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Wang Yingdian (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Wang Yingdian (Academy of Plateau Science and Sustainability of the People’s Government of Qinghai Province & Beijing Normal University, Qinghai Normal University, Xining, 810008, Qinghai, China) ,  Han Shengcheng (Beijing Key Laboratory of Gene Resources and Molecular Development, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing, 100875, China) ,  Han Shengcheng (Academy of Plateau Science and Sustainability of the People’s Government of Qinghai Province & Beijing Normal University, Qinghai Normal University, Xining, 810008, Qinghai, China)
資料名： Journal of Plant Physiology  (Journal of Plant Physiology)
巻： 271  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0822B  ISSN： 0176-1617  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 長い非コードRNA(lncRNAs)は,イネにおけるカリプシス発生および粒径において重要な調節的役割を果たす。しかし,一次枝(CPB)上に位置するカリオペスと二次枝(CSB)に位置するカリオペス間のlncRNA発現に差異が存在するかどうかは,それらの異なる発達に寄与する。ここでは,開花後0,5,12および20日(DAF)で,CPBおよびCSBで発現する2273lncRNAを同定するために,トランスクリプトームワイド分析を行った。これらのlncRNAは広く分布していたが,大多数は12のイネ染色体の遺伝子間領域に位置した。遺伝子発現クラスター分析に基づいて,CPBとCSBで発現されたlncRNAsは,位置非依存的に2つのサブタイプにクラスタ化された:1つは0-と5-DAF CPBとCSB,および12-DAF CSB;第2は12DAF CPBと20-DAF CPBとCSBを含む。さらに,各lncRNAの発現値に従って,K-平均クラスター分析は,CSBにおける135の初期段階,116の中期,および114の後期発現遅延lncRNAを明らかにした。次に,発現遅延lncRNAと近隣コード遺伝子(lncRNAの上流と下流100kb)の発現値を分析し,258のlncRNAと571の近くのコード遺伝子を含む631のlncRNA-mRNA対を見出し,その幾つかはホルモン調節粒発達に関連する。これらの結果は,CSBにおける発現遅延lncRNAsがCPBとCSBの発生を調節し,CPBとCSBの間の発生差の根底にある機構への洞察を提供し,穀粒収量の違いを暗示することを示唆した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 粒径 ,  mRNA ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  *ホルモン ,  クラスタ化 ,  *イネ ,  開花 ,  クラスタ分析 ,  ホルモン調節 ,  遺伝子発現 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 遺伝子間DNA ,  *非翻訳RNA ,  *非翻訳長鎖RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 尖端一次枝上に位置するCaryopses ,  近位二次枝上に位置するCaryopses ,  長鎖非コードRNA ,  Caryopsis微分開発 ,  トランスクリプトームワイド解析

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

タイトルに関連する用語 (9件)： イネ ,  枝 ,  発育 ,  長鎖非コードRNA ,  ホルモン ,  近傍 ,  遺伝子 ,  トランスクリプトーム ,  同定