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J-GLOBAL ID：202202239044542648   整理番号：22A0945917

トランスクリプトームは乾燥耐性および感受性コムギ遺伝子型における根構造の遺伝子発現パターンを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome unveiled the gene expression patterns of root architecture in drought-tolerant and sensitive wheat genotypes

著者 (10件)： Rasool Fatima (Genome Editing & Sequencing Lab, National Centre for Bioinformatics, Quaid-i-Azam University, Islamabad, 45320, Pakistan) ,  Rasool Fatima (National Institute for Genomics and Advanced Biotechnology, National Agricultural Research Centre, Park Road, Islamabad, 45500, Pakistan) ,  Khan Muhammad Ramzan (Genome Editing & Sequencing Lab, National Centre for Bioinformatics, Quaid-i-Azam University, Islamabad, 45320, Pakistan) ,  Khan Muhammad Ramzan (National Institute for Genomics and Advanced Biotechnology, National Agricultural Research Centre, Park Road, Islamabad, 45500, Pakistan) ,  Schneider Michael (Institute of Crop Science and Resource Conservation (INRES), Department of Crop Genetics and Biotechnology, Rheinische Friedrich-Wilhelms University of Bonn, Germany) ,  Uzair Muhammad (National Institute for Genomics and Advanced Biotechnology, National Agricultural Research Centre, Park Road, Islamabad, 45500, Pakistan) ,  Aqeel Muhammad (National Institute for Genomics and Advanced Biotechnology, National Agricultural Research Centre, Park Road, Islamabad, 45500, Pakistan) ,  Ajmal Wajya (National Institute for Genomics and Advanced Biotechnology, National Agricultural Research Centre, Park Road, Islamabad, 45500, Pakistan) ,  Leon Jens (Institute of Crop Science and Resource Conservation (INRES), Department of Crop Genetics and Biotechnology, Rheinische Friedrich-Wilhelms University of Bonn, Germany) ,  Naz Ali Ahmed (Institute of Crop Science and Resource Conservation (INRES), Department of Crop Genetics and Biotechnology, Rheinische Friedrich-Wilhelms University of Bonn, Germany)
資料名： Plant Physiology and Biochemistry  (Plant Physiology and Biochemistry)
巻： 178  ページ： 20-30  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1643A  ISSN： 0981-9428  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： フランス (FRA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 干ばつは農業生産にとって大きな課題である。根属性は,高い収量の持続可能なコムギ品種を,変化する気候条件に対して育種するための重要な標的形質である。しかし,根構造に関するコムギのトランスクリプトームは不明瞭であった。ここでは,コムギの天然発生6遺伝子型(干ばつ耐性および感受性)における根系変異に関与する推定遺伝子を分析するためのRNA-Seqに基づくトランスクリプトームを検討した。全体的RNA-Seqに基づく根トランスクリプトーム解析は,一塩基多型(SNP)変異と差次的発現遺伝子を明らかにした。推定56SNPsは根構造に関与する15遺伝子に関連した。GO用語を用いたこれらの遺伝子の濃縮は,差次的発現遺伝子(DEG)が分子機能,細胞成分および生物学的過程に関与するサブカテゴリに分けられることを示した。遺伝子型の各比較におけるDEGのKEGG分析は,代謝,二次代謝産物の生合成,多様な環境における微生物代謝および抗生物質の生合成を含む。DEGへのより深い洞察は,乾燥応答と正の重力指向性に関与する様々な経路を明らかにした。これらの遺伝子は,根発生およびストレス関連経路に関与するDOF,C3H,MYBおよびNACのような様々な転写因子ファミリーに属している。干ばつ耐性遺伝子型である局所白色およびUZ-11-CWA-8は,DEGまたは転写因子の多くを過剰発現している。特に,正の重力指向性で動員されたRP/EBファミリーに属する微小管関連蛋白質MAPRE1は豊富であった。リアルタイムPCR分析は,MAPRE1とPAL遺伝子の発現がRNA-seqデータと一致することを明らかにした。提示データと遺伝資源は,干ばつ耐性と感受性遺伝子型の根系構造に関与する遺伝子を提供するのに有用であると思われる。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 応答 ,  解析 ,  生合成 ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  *遺伝子型 ,  抗生物質 ,  *コムギ ,  干ばつ ,  品種 ,  遺伝学実験技術 ,  遺伝子発現 ,  転写因子 ,  二次代謝産物 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： トランスクリプトーム解析 ,  過剰発現 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 非生物的ストレス ,  気候変動 ,  候補遺伝子 ,  遺伝的変異 ,  RNA-Seq ,  乾燥ストレス

分類 (2件)： 植物生理学一般  (EH02010Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： トランスクリプトーム ,  乾燥耐性 ,  感受性 ,  コムギ ,  遺伝子型 ,  根 ,  遺伝子発現パターン