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J-GLOBAL ID：202202239375379860   整理番号：22A0027625

PIMBA:メタバーコード解析のためのパイプライン【JST・京大機械翻訳】

PIMBA: A PIpeline for MetaBarcoding Analysis

著者 (5件)： Oliveira Renato R. M. (Instituto Tecnologico Vale, Belem, Para, Brazil) ,  Oliveira Renato R. M. (Programa de Pos-Graduacao em Bioinformatica, Instituto de Ciencias Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil) ,  Silva Raissa (Instituto Tecnologico Vale, Belem, Para, Brazil) ,  Nunes Gisele L. (Instituto Tecnologico Vale, Belem, Para, Brazil) ,  Oliveira Guilherme (Instituto Tecnologico Vale, Belem, Para, Brazil)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 13063  ページ： 106-116  発行年： 2022年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAメタバーコーディングは環境試料(eDNA)から生物多様性を評価することができる新たなモニタリング法である。計算ツールの進歩は,次世代シーケンスデータの増加のために要求されている。MOTHUR,QIIME,Obitols,PEMA,およびmBRAVEのようなDNAメタバーコーディング分析のためのツールは,生態学的研究において広く使用されてきたが,カスタムデータベースを使用する必要性があるとき,いくつかの困難が遭遇する。ここでは,PIMBA,MetaBarコード解析のPIpeline,をここで述べたソフトウェアにより使用される他の参照データベースと同様に,カスタマイズデータベースの使用を可能にする。PIMBAは,ちょうど3つのコマンドラインですべての分析を統合するオープンソースとユーザフレンドリーなパイプラインである。PIMBAの実装は,利用可能である。Copyright Springer Nature Switzerland AG 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *DNA【核酸】 ,  ソフトウェア ,  生態学 ,  生物多様性 ,  環境試料 ,  カスタム化
準シソーラス用語： ユーザフレンドリ性 ,  オープンソース , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： DNAメタバーコーディング ,  フレキシブルパイプライン ,  OTU ,  ASV

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： バーコード ,  解析 ,  パイプライン