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J-GLOBAL ID：202202239399074037   整理番号：22A0629415

CCP-EMソフトウェアスイートを用いた原子モデル検証【JST・京大機械翻訳】

Atomic model validation using the CCP-EM software suite

著者 (8件)： Joseph Agnel Praveen (Science and Technology Facilities Council, Scientific Computing Department, Didcot, United Kingdom) ,  Olek Mateusz (University of York, Department of Chemistry, York, United Kingdom) ,  Olek Mateusz (Diamond Light Source, Electron BioImaging Center, Rutherford Appleton Laboratory, Didcot, United Kingdom) ,  Malhotra Sony (Science and Technology Facilities Council, Scientific Computing Department, Didcot, United Kingdom) ,  Zhang Peijun (Diamond Light Source, Electron BioImaging Center, Rutherford Appleton Laboratory, Didcot, United Kingdom) ,  Cowtan Kevin (University of York, Department of Chemistry, York, United Kingdom) ,  Burnley Tom (Science and Technology Facilities Council, Scientific Computing Department, Didcot, United Kingdom) ,  Winn Martyn D. (Science and Technology Facilities Council, Scientific Computing Department, Didcot, United Kingdom)
資料名： Acta Crystallographica. Section D. Biological Crystallography  (Acta Crystallographica. Section D. Biological Crystallography)
巻： 78  号： 2  ページ： 152-161  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0466A  ISSN： 0907-4449  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最近,極低温電子顕微鏡(cryo-EM)を用いて得られたデータの品質と量に劇的な改善があった。これはまた,構築した原子モデルの数の増加とも関連している。達成可能な最良の分解能は改善されるが,しばしば局所分解能は可変であり,データの大部分は3Åより悪い分解能で解決される。モデル構築と精密化は,これらの解像度でしばしば挑戦的であり,従って,原子モデル検証は,モデルのより信頼性の低い領域の同定にさらに重要である。ここでは,CCP-EMソフトウェアスイートに実装された原子モデル検証のためのグラフィカルユーザインタフェイスを提示した。ユーザが一連の解像度にわたって動作し,評価の要約を得る複数の補完的検証メトリックスをアクセスできるプラットフォームにこれを開発することを狙った。SARS-CoV-2からのクライオ-EM構造に関連した原子モデルからの検証推定に基づいて,モデルは,データによるモデル一致と比較して,観察を当てはめる上で,通常,最も一般的な立体配座の採用に好都合であることが観察された。低解像度では,立体化学的品質はデータ適合に優るかもしれないが,そのモデルは再可解な特徴に関してデータと一致することを保証するために注意する必要がある。さらなる再微細化は,幾何学的品質の損失なしに,データとの一致の改善につながることを実証した。また,これは,モデル精密化における改善された分解能依存重量最適化の必要性と,精密化プロセスを導くのを助ける過剰適合のための効果的な試験も強調する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 幾何学 ,  最適化 ,  立体配座 ,  信頼性 ,  分解能 ,  立体化学 ,  モデリング ,  精密化 ,  GUI【計算機】 ,  *原子モデル
準シソーラス用語： *モデル検証 ,  メトリックス ,  低温電子顕微鏡 ,  低分解能 ,  データ適合 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： クライオ-EM ,  モデル検証 ,  CCP-EM ,  SARS-CoV-2 ,  モデル幾何学

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  生体の顕微鏡観察法  (EA03050C)

タイトルに関連する用語 (4件)： CCP ,  EM ,  原子モデル ,  検証