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J-GLOBAL ID：202202241343748348   整理番号：22A0973543

ジエチルピロ炭酸塩標識質量分析における隣接残基疎水性の考慮はRosetta蛋白質構造予測を改善する【JST・京大機械翻訳】

Accounting for Neighboring Residue Hydrophobicity in Diethylpyrocarbonate Labeling Mass Spectrometry Improves Rosetta Protein Structure Prediction

著者 (6件)： Biehn Sarah E. (Department of Chemistry and Biochemistry, Ohio State University, Ohio, United States) ,  Picarello Danielle M. (Department of Bioengineering, Lehigh University, Pennsylvania, United States) ,  Picarello Danielle M. (Rosetta Commons Research Experience for Undergraduates, Rosetta Commons, https://www.rosettacommons.org/about/intern) ,  Pan Xiao (Department of Chemistry, University of Massachusetts, Amherst, Massachusetts, United States) ,  Vachet Richard W. (Department of Chemistry, University of Massachusetts, Amherst, Massachusetts, United States) ,  Lindert Steffen (Department of Chemistry and Biochemistry, Ohio State University, Ohio, United States)
資料名： Journal of the American Society for Mass Spectrometry  (Journal of the American Society for Mass Spectrometry)
巻： 33  号： 3  ページ： 584-591  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0174A  ISSN： 1044-0305  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 共有結合性標識質量分析は,共有結合修飾による蛋白質構造解明と曝露残基の同定を可能にする。ジエチルピロカーボナート(DEPC)は,リジン,ヒスチジン,セリン,トレオニンおよびチロシン残基の標識を介して構造への洞察を与える一般的に使用される共有結合標識試薬である。著者らは最近,蛋白質構造予測努力を改善するために,二成分DEPC標識データを用いたRosettaアルゴリズムを実行した。本研究では,疎水性近傍数のより正確な推定を得るために,セリン,トレオニンおよびチロシン残基の微小環境における隣接残基の疎水性のレベルを説明することにより,著者らのモデリング努力を改善した。これは,溶媒曝露ヒスチジンおよびリジン残基に対する考慮と共に,Rosetta機能性に取り込まれた。全体として,著者らの新しいRosettaスコア項は,試験した7つのベンチマーク蛋白質のうち5つについて,2Å未満の二乗平均平方根偏差(RMSDs)を有する最良のスコアリングモデルを成功裏に同定した。さらに,自然構造が利用できない状況に対する予測成功を測定するために信頼計量を開発した。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  *質量分析 ,  *疎水性 ,  *タンパク質 ,  共有結合 ,  ベンチマーク ,  アミノ酸残基 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族アルコール ,  脂肪族カルボン酸 ,  アミノアルコール ,  ヒドロキシ酸 ,  第一アミン ,  窒素複素環化合物
準シソーラス用語： チロシン残基 ,  リジン残基 ,  微小環境 ,  *蛋白質構造 ,  *残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  質量分析  (CC03013N)

物質索引 (4件)： セリン ,  トレオニン ,  ヒスチジン ,  リジン

タイトルに関連する用語 (6件)： 炭酸塩 ,  標識 ,  質量分析 ,  残基 ,  疎水性 ,  蛋白質構造予測