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J-GLOBAL ID：202202241423462076   整理番号：22A0575161

グレートソルト湖のGilbert湾の植物プランクトンのDNAメタバーコーディング:時空間的群集変化と顕微鏡法との比較【JST・京大機械翻訳】

DNA metabarcoding of the phytoplankton of Great Salt Lake’s Gilbert Bay: Spatiotemporal assemblage changes and comparisons to microscopy

著者 (5件)： Brown Phil D. (Great Salt Lake Brine Shrimp Cooperative, Inc., 1750 W. 2450 S., Ogden, UT 84401, USA) ,  Craine Joseph M. (Jonah Ventures, LLC., 5485 Conestoga Ct #210, Boulder, CO 80301, USA) ,  Richards David (OreoHelix Ecological, Vineyard, UT 84059, USA) ,  Chapman Andrew (Greenwater Laboratories, 205 Zeagler Dr., Suite 302, Palatka, FL 32177, USA) ,  Marden Brad (Great Salt Lake Brine Shrimp Cooperative, Inc., 1750 W. 2450 S., Ogden, UT 84401, USA)
資料名： Journal of Great Lakes Research  (Journal of Great Lakes Research)
巻： 48  号： 1  ページ： 110-124  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2229A  ISSN： 0380-1330  CODEN： JGLRDE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 五大塩湖(GSL)は,湖,Gilbert湾の最大湾において,生産的開放水生態系を支える,未研究植物プランクトン集団を有するユニークな超塩分系である。顕微鏡による植物プランクトンの定量は,研究の範囲を制約できる実用的な制限を持つが,DNAメタバーコーディングは,比較的高い分類学的分解能と,比較的少ない時間で大量の集団データを生成する能力により,これを改善する可能性がある。メタバーコーディングが顕微鏡を複製し,GSL植物プランクトンの評価を拡大するかどうかを決定するために,2017年と2018年にGilbert湾の23S SSU rRNAメタバーコーディングと顕微鏡観察を行った。各方法からの集合組成と相対豊度を比較し,非計量多次元スケーリングを用いてメタバーコーディングデータからの空間と時間集団変化を調べた。メタバーコーディングは,多重分類学的帰属と相対豊度において顕微鏡とは異なり,ほとんどのカテゴリーに対して貧弱な相関があった。珪藻類は顕微鏡と比較してメタバーコーディングによって過剰発現し,そして,クロロファイトは過小表示された。しかし,メタバーコーディングは,集団における季節的および空間的パターンを明らかにし,非常に低い豊度の植物プランクトン配列内の季節的パターンを検出し,湖の主要なDunaliella viridis内の潜在的潜在種分化を検出した。系統発生分析は,GSL前に観察されたよりも植物プランクトン多様性が大きいことを明らかにしたが,特に珪藻類内で,得られた配列の分類学的帰属を改善する必要性を示した。時間を通して追跡され,環境変数に対して分析できるDNA配列の検出可能多様性と分離の拡大は,将来のGSL研究における顕微鏡との並列使用のための潜在的に有効なツールをメタバーコーディングする。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  rRNA ,  *顕微鏡観察 ,  塩分 ,  多重化 ,  珪藻類 ,  *植物プランクトン ,  生態系 ,  高次元 ,  Dunaliella
準シソーラス用語： 系統解析 ,  DNA配列 ,  分類学 ,  過剰発現 ,  *バーコーディング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 植物プランクトン ,  メタバーコーディング ,  23S SSU rRNA ,  普遍的色素体アンプリコン ,  高塩 ,  グレートソルト湖 ,  系統発生学

分類 (3件)： 生態系  (EE01040P) ,  湖沼汚濁  (SB02030Q) ,  プランクトン  (FH02050R)

タイトルに関連する用語 (6件)： 植物プランクトン ,  DNA ,  メタバーコーディング ,  時空間 ,  群集 ,  顕微鏡法