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J-GLOBAL ID：202202242634803137   整理番号：22A0568764

空間トランスクリプトミクスデータにおける細胞型モデリングはマウス脳における細胞型間の空間的に可変な共局在とコミュニケーションを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Cell-type modeling in spatial transcriptomics data elucidates spatially variable colocalization and communication between cell-types in mouse brain

著者 (6件)： Grisanti Canozo Francisco Jose (Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Grisanti Canozo Francisco Jose (Texas Heart Institute, Houston, TX 77030, USA) ,  Zuo Zhen (Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Martin James F. (Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Martin James F. (Texas Heart Institute, Houston, TX 77030, USA) ,  Samee Md. Abul Hassan (Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA)
資料名： Cell Systems  (Cell Systems)
巻： 13  号： 1  ページ： 58-70.e5  発行年： 2022年 
JST資料番号： W3087A  ISSN： 2405-4712  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一細胞空間トランスクリプトミクス(sc-ST)は,複雑な組織の構造的側面を解明する見込みがある。このような分析は,単一細胞RNA-seqデータセットとの統合を通して,sc-STデータセットにおける細胞型のモデリングを必要とする。しかしながら,この統合は,2つの技術がプロファイル遺伝子数で広く異なるので,非自明であり,データセットは,しばしば与えられた細胞型に対し多くのマーカー遺伝子を共有しない。これらの課題を克服するために,ニューラルネットワーク(STANN)を用いたニューラルネットワークモデル,空間トランスクリプトミクス細胞タイプ割当てを開発した。マウス嗅球(MOB)sc-STデータにおけるSTANNの予測細胞型の解析は,その形態学的層に基づく従来の記述を超えてMOB構造を描写した。細胞型割合は個々の形態学的層内では一貫しているが,層間では著しく変化することを見出した。特に,層内でも,細胞共局在パターンと細胞間コミュニケーション機構は高い空間的変動を示す。これらの観察は,空間的に局在化した遺伝子調節ネットワークと受容体-リガンド使用を特徴とするサブタイプへの主要な細胞型の精密化を意味する。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ニューラルネットワーク ,  RNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  *細胞 ,  受容体 ,  *マウス ,  細胞生理 ,  遺伝学実験技術 ,  嗅球 ,  モルフォロジー
準シソーラス用語： リガンド ,  細胞間コミュニケーション ,  神経回路網モデル ,  *トランスクリプトーム解析 ,  単一細胞 ,  *細胞型 ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： マウス嗅球 ,  単一細胞RNA-seq ,  空間トランスクリプトミクス ,  seqfish+ ,  組織構造 ,  細胞組成 ,  細胞共局在 ,  細胞間コミュニケーション ,  深層ニューラルネットワーク

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： トランスクリプトミクス ,  細胞型 ,  モデリング ,  マウス ,  脳 ,  コミュニケーション