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J-GLOBAL ID：202202243415653285   整理番号：22A1175550

ジュート(Corchorus Spp.)におけるPCRに基づく多型SSRによる物理的地図構築のためのゲノムワイドSSRマーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Development of Genome-wide SSR Markers for Physical Map Construction with PCR-based Polymorphic SSRs in Jute (Corchorus Spp.)

著者 (13件)： Niyitanga Sylvain (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops, Ministry of Education/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Niyitanga Sylvain (Experiment Station of Ministry of Agriculture and Rural Affairs for Jute and Kenaf in Southeast China / Fujian Public Platform for Germplasm Resources of Bast Fiber Crops, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Yao Jiayu (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops, Ministry of Education/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Yao Jiayu (Experiment Station of Ministry of Agriculture and Rural Affairs for Jute and Kenaf in Southeast China / Fujian Public Platform for Germplasm Resources of Bast Fiber Crops, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Ibrahim Aminu kurawa (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops, Ministry of Education/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Ibrahim Aminu kurawa (Experiment Station of Ministry of Agriculture and Rural Affairs for Jute and Kenaf in Southeast China / Fujian Public Platform for Germplasm Resources of Bast Fiber Crops, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Afzal Muhammad Zohaib (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops, Ministry of Education/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Afzal Muhammad Zohaib (Experiment Station of Ministry of Agriculture and Rural Affairs for Jute and Kenaf in Southeast China / Fujian Public Platform for Germplasm Resources of Bast Fiber Crops, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Chen Siyuan (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops, Ministry of Education/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Chen Siyuan (Experiment Station of Ministry of Agriculture and Rural Affairs for Jute and Kenaf in Southeast China / Fujian Public Platform for Germplasm Resources of Bast Fiber Crops, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Zhang Liwu (Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops, Ministry of Education/Fujian Key Laboratory for Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Zhang Liwu (Experiment Station of Ministry of Agriculture and Rural Affairs for Jute and Kenaf in Southeast China / Fujian Public Platform for Germplasm Resources of Bast Fiber Crops, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China) ,  Zhang Liwu (Center for Genomics and Biotechnology, Haixia Institute of Science and Technology, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, China)
資料名： Tropical Plant Biology  (Tropical Plant Biology)
巻： 15  号： 1  ページ： 65-77  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5005A  ISSN： 1935-9764  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ジュートにおけるマイクロサテライトまたはSSR(単純配列反復)マーカーの開発に向けた過去数十年の実質的な努力にもかかわらず,遺伝的および育種研究を行うための付加的SSRマーカーに対する緊急の必要性がまだある。両二倍体栽培ジュート種に対する参照ゲノム配列のアベイラビリティは,C.capularisおよびC.olitoriusゲノムからそれぞれ合計154,715および160,173SSRを同定した。187.6および15.01SSR/Mbの密度を有する6,337および7,012の全SSRsを,コード配列(CDS)においても採掘した。12bpはゲノムとCDSの両方で最も一般的な反復長であった。ジ-およびテトラ-ヌクレオチドモチーフはゲノム配列で優勢であったが,CDSではトリヌクレオチドであった。SSR頻度は両種の反復単位の増加とともに低下した。ATTとATモチーフはゲノムで最も一般的であった。AGとCTTは両種のCDSで優勢であったが,GCとCGCモチーフはまれであった。さらに,同定されたSSRの隣接配列(両種から)を用いて,合計1117のSSRプライマー対を設計した。24の遺伝子型における110のサンプリングSSRに基づく遺伝的多様性分析は,高い多型を示した。535のPCRベースの多型SSRsを有する最初の物理的地図を,参照ゲノムとしてC.capularisを取り入れることによって構築した。これらの資源は,ジュートにおける遺伝学と育種研究を進めるであろう。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  遺伝子型 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ジュート ,  アベイラビリティ ,  *ゲノム ,  栽培 ,  育種 ,  遺伝学 ,  二倍体 ,  マイクロサテライト
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  *マイクロサテライトマーカー ,  *物理地図 ,  遺伝多様性 ,  ヌクレオチドモチーフ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： マイクロサテライト ,  栽培ジュート種 ,  モチーフ ,  コーディングシーケンス ,  SSR増幅

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  菌類による植物病害  (FC04052Y) ,  麦  (FC03033M)

タイトルに関連する用語 (11件)： ジュート ,  Corchorus ,  SPP ,  PCR ,  多型 ,  SSR ,  物理的地図 ,  構築 ,  ゲノム ,  SSRマーカー ,  開発