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J-GLOBAL ID：202202245124268643   整理番号：22A0437544

Leptospira属のコアおよびパン遺伝子地図とヒト宿主との相互作用【JST・京大機械翻訳】

A core and pan gene map of Leptospira genus and its interactions with human host

著者 (5件)： Lata Kumari Snehkant (Department of Botany, Bioinformatics and Climate Change Impacts Management, Gujarat University, Ahmedabad, 380009, India) ,  Kumar Swapnil (Department of Biotechnology & Bioinformatics, School of Life Sciences, University of Hyderabad, Gachibowli, Hyderabad, 500046, India) ,  Vindal Vaibhav (Department of Biotechnology & Bioinformatics, School of Life Sciences, University of Hyderabad, Gachibowli, Hyderabad, 500046, India) ,  Patel Saumya (Department of Botany, Bioinformatics and Climate Change Impacts Management, Gujarat University, Ahmedabad, 380009, India) ,  Das Jayashankar (Centre for Genomics and Biomedical Informatics, IMS and SUM Hospital, Siksha “O” Anusandhan University (Deemed to Be University), Bhubaneswar, 751003, India)
資料名： Microbial Pathogenesis  (Microbial Pathogenesis)
巻： 162  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0489A  ISSN： 0882-4010  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Leptospira種は,世界的にヒト健康と経済の両方に影響する「Leptospirsis」として知られる新興の人畜共通感染症の病原体である。疾患の世界的な重要性にもかかわらず,この細菌の病原学的特徴,宿主適応および適切な診断は不足している。これらのギャップを達成するために,Leptospira属のパンゲノムを本研究で調査した。Leptospira属のパンゲノムは,コア(692)およびアクセサリー部分(ソフトコア:1804,シェル:6432,クラウド:16,600)から成った。機能分析は,コア-遺伝子における「翻訳,リボソーム構造,生物発生」COGクラスの豊度を明らかにした。一方,アクセサリー部分では,シグナル伝達に関与する遺伝子が最も豊富であった。さらに,ヒト蛋白質によるコアおよびアクセサリー蛋白質の病原体-宿主相互作用(PHI)分析は,それぞれ合計599および510相互作用の存在を示した。コアPHIネットワークには8つのハブがあり,アクセサリー蛋白質のPHIネットワークには5つのハブがあった。これらの相互作用に関与するヒト蛋白質は,代謝過程,刺激に対する応答および免疫系過程に機能的に豊富であった。さらに,パンゲノムに基づく系統発生は,病原性レベルと関連する3つの主要なクレード(P1,P2およびS)におけるLeptospira属を分離した。さらに,Leptospiraの病原性および腐生性クレード特異的遺伝子も同定し,COG,KEGGおよび病原性因子について機能的に注釈付けした。結果は,102の病原性と215の腐生群特異的遺伝子クラスターの存在を明らかにした。病原体特異的遺伝子のCOG機能アノテーションは,シグナル伝達機構カテゴリーが続く防御機構が最も有意にCOGカテゴリーであることを示した。一方,腐生群では,シグナル伝達機構が最も豊富なCOGであり,適応における役割を示唆し,従って微生物の進化と生存に重要であることを示唆した。結論として,本研究はLeptospira属のゲノム特徴の新しい洞察を提供し,それはさらに病気のより良い制御作用の開発のために実行されるかもしれない。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  ネットワーク ,  *遺伝子 ,  タンパク質 ,  ヒト ,  系統発生 ,  ゲノム ,  病原性 ,  リボソーム ,  *Leptospira ,  機能分析 ,  病原体 ,  アノテーション
準シソーラス用語： 遺伝子クラスタ ,  クレード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Leptospira ,  比較ゲノミクス ,  パンとコアゲノム ,  病原体-宿主相互作用 ,  クレード特異的遺伝子 ,  病原性因子

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物感染の生理と病原性  (EG03053T)

タイトルに関連する用語 (7件)： Leptospira属 ,  コア ,  パン ,  遺伝子地図 ,  ヒト ,  宿主 ,  相互作用