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J-GLOBAL ID：202202245369731250   整理番号：22A0297425

中国エビ(Fenneropenaeus chinensis)の改良されたゲノム集合は進化と家畜化中の環境への適応を示唆する【JST・京大機械翻訳】

Improved genome assembly of Chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis) suggests adaptation to the environment during evolution and domestication

著者 (19件)： Wang Qiong (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Wang Qiong (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Ren Xianyun (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Ren Xianyun (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Liu Ping (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Liu Ping (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Li Jitao (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Li Jitao (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Lv Jianjian (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Lv Jianjian (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Wang Jiajia (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Wang Jiajia (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Zhang Haien (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Wei Wei (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Zhou Yuxin (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  He Yuying (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  He Yuying (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Li Jian (Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, China) ,  Li Jian (Function Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 1  ページ： 334-344  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高品質参照ゲノムは重要な生物学的現象の基礎となる分子機構を決定するために必要である。したがって,本研究では,中国のエビFenneropenaeus chinensisの染色体レベルゲノムアセンブリを実施した。雄のエビの筋肉をPacBioプラットフォームを用いて配列決定し,Hi-C技術によって組み立てた。集合したF.chinensisゲノムは,472.84KbのコンティグN50を有する1.47Gbであり,57.73%の反復配列を含み,43の偽染色体に固定され,足場N50は36.87Mbであった。全体で,25,026の蛋白質コード遺伝子を予測した。F.chinensisのゲノムサイズは,この種で観察される移動に関連すると思われる他のペナイド種と比較して有意な収縮を示した。しかし,F.chinensisゲノムは,細胞過程および代謝過程に関連したいくつかの拡張遺伝子ファミリーを含み,収縮遺伝子ファミリーはウイルス感染過程と関連していた。この知見は,移動と寒冷環境の選択圧力に対するF.chinensisの適応を示す。さらに,選抜シグネチャ分析は,野生個体群と比較したとき,培養エビにおける代謝,光伝達,および神経系に関連した遺伝子を同定し,栽培中の成長,視覚,および行動の標的,人工選択を示した。F.chinensisのゲノムの構築は重要な生物学的プロセスのさらなる遺伝子メカニズム解析に貴重な情報を提供し,進化中の遺伝的変化の研究を促進するであろう。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 視覚 ,  神経系 ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  ウイルス感染 ,  染色体 ,  タンパク質 ,  *ゲノム ,  栽培 ,  個体群 ,  *エビ ,  反復配列
準シソーラス用語： 分子機構 ,  コンティグ ,  遺伝子ファミリー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 適応 ,  家畜化 ,  進化 ,  Fenneropenaeus chinensis ,  遺伝子族

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： 中国 ,  エビ ,  ゲノム ,  集合 ,  進化 ,  家畜化 ,  環境 ,  適応