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J-GLOBAL ID：202202245693528312   整理番号：22A1177565

感染の病原診断のための16S rRNA遺伝子のショットガンメタゲノミクスとサンガー配列決定の間の前向き比較【JST・京大機械翻訳】

Prospective Comparison Between Shotgun Metagenomics and Sanger Sequencing of the 16S rRNA Gene for the Etiological Diagnosis of Infections

著者 (27件)： Lamoureux Claudie (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Lamoureux Claudie (Department of Bacteriology, Virology, Hospital Hygiene, and Parasitology-Mycology, Brest University Hospital, Brest, France) ,  Lamoureux Claudie (Univ Brest, INSERM, EFS, UMR 1078, GGB, Brest, France) ,  Surgers Laure (GHU AP-HP Sorbonne Universite, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hopital Saint-Antoine, Paris, France) ,  Surgers Laure (INSERM U955, IMRB Institute, University of Paris-Est Creteil, Creteil, France) ,  Fihman Vincent (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Fihman Vincent (EA 7380 Dynamyc, EnvA, UPEC, University of Paris-Est Creteil, Creteil, France) ,  Gricourt Guillaume (NGS Platform, Henri Mondor Hospital, AP-HP, and IMRB Institute, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Demontant Vanessa (NGS Platform, Henri Mondor Hospital, AP-HP, and IMRB Institute, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Trawinski Elisabeth (NGS Platform, Henri Mondor Hospital, AP-HP, and IMRB Institute, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  N’Debi Melissa (NGS Platform, Henri Mondor Hospital, AP-HP, and IMRB Institute, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Gomart Camille (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Royer Guilhem (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Launay Nathalie (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Le Glaunec Jeanne-Marie (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Wemmert Charlotte (Antimicrobial Stewardship Unit, Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections Department, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  La Martire Giulia (Antimicrobial Stewardship Unit, Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections Department, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Rossi Geoffrey (Antimicrobial Stewardship Unit, Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections Department, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Lepeule Raphaeel (Antimicrobial Stewardship Unit, Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections Department, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Pawlotsky Jean-Michel (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Pawlotsky Jean-Michel (INSERM U955, IMRB Institute, University of Paris-Est Creteil, Creteil, France) ,  Rodriguez Christophe (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Rodriguez Christophe (INSERM U955, IMRB Institute, University of Paris-Est Creteil, Creteil, France) ,  Rodriguez Christophe (NGS Platform, Henri Mondor Hospital, AP-HP, and IMRB Institute, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Woerther Paul-Louis (Microbiology Unit, Department of Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France) ,  Woerther Paul-Louis (EA 7380 Dynamyc, EnvA, UPEC, University of Paris-Est Creteil, Creteil, France) ,  Woerther Paul-Louis (Antimicrobial Stewardship Unit, Diagnostic, Prevention and Treatment of Infections Department, Henri Mondor Hospital, AP-HP, University of Paris-Est-Creteil, Creteil, France)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 13  ページ： 761873  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌学的診断は伝統的に培養に基づいている。しかし,この方法は,ある種の種または抗生物質への事前曝露の困難さによって制限され,それは16S rRNA遺伝子(Sanger 16S)のサンガー配列決定のような分子的方法への利用を正当化する。最近,ショットガンメタゲノム(SMg)は多くの臨床状況において広範囲の病原性微生物を同定する強力なツールとして浮上している。本研究では,SMgの性能を細菌検出と同定のためのサンガー16Sと比較した。Sanger 16Sが2011年11月~2019年4月に依頼された全患者試料を前向きに含めた。対応する試料を市販の16S半自動化法及び半定量的汎微生物DNA及びRNAベースSMg法で試験した。64人の患者からの67のサンプルを分析した。全体として,SMgは,Sanger 16Sで,症例の46.3%(31/67)対38.8%(26/67)の細菌病因を同定することができた。この差は,種レベルで得た結果のみ(28/67対13/67)と比較して,有意性に達した。本研究は,培養に基づく方法が失敗した感染症患者における種レベルでの細菌検出のためのSMgのSMgよりもSMgの有意に優れた性能の最初の証拠の1つを提供した。この技術は,感染症診断のための日常診療でサンガー16Sを置き換える可能性を有する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 微生物 ,  細菌 ,  DNA【核酸】 ,  *RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  抗生物質 ,  感染症 ,  細菌検査 ,  *遺伝学 ,  病因 ,  *rRNA遺伝子
準シソーラス用語： *16S rRNA ,  感染診断 ,  半自動化 ,  *メタゲノミクス ,  日常診療 ,  細菌検出 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ショットガンメタゲノミクス ,  分子診断 ,  病原体の同定 ,  16S rRNA遺伝子のSanger配列決定 ,  微生物ドキュメンテーション

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (39件)：

• Abayasekara L. M., Perera J., Chandrasekharan V., Gnanam V. S., Udunuwara N. A., Liyanage D. S., et al (2017). Detection of bacterial pathogens from clinical specimens using conventional microbial culture and 16S metagenomics: a comparative study. BMC Infect. Dis. 17:631. doi: 10.1186/s12879-017-2727-8
• Andersen H., Connolly N., Bangar H., Staat M., Mortensen J., Deburger B., et al (2016). Use of shotgun metagenome sequencing to detect fecal colonization with multidrug-resistant bacteria in children. J. Clin. Microbiol. 54 1804-1813. doi: 10.1128/JCM.02638-15
• Bemer P., Plouzeau C., Tande D., Leger J., Giraudeau B., Valentin A. S., et al (2014). Evaluation of 16S rRNA gene PCR sensitivity and specificity for diagnosis of prosthetic joint infection: a prospective multicenter cross-sectional study. J. Clin. Microbiol. 52 3583-3589. doi: 10.1128/JCM.01459-14
• Boers S. A., Jansen R., Hays J. P. (2019). Understanding and overcoming the pitfalls and biases of next-generation sequencing (NGS) methods for use in the routine clinical microbiological diagnostic laboratory. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 38 1059-1070. doi: 10.1007/s10096-019-03520-3
• Church D. L., Cerutti L., Gürtler A., Griener T., Zelazny A., Emler S. (2020). Performance and application of 16S rRNA gene cycle sequencing for routine identification of bacteria in the clinical microbiology laboratory. Clin. Microbiol. Rev. 33:e00053-19. doi: 10.1128/CMR.00053-19

タイトルに関連する用語 (3件)： 感染 ,  診断 ,  rRNA遺伝子