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J-GLOBAL ID：202202245732002340   整理番号：22A1180338

VibrionaceaeにおけるHalioticoliクレード種のゲノム分析は共生的ライフスタイル遷移に共生する間の炭水化物代謝遺伝子によるゲノム拡大を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Genomic Analyses of Halioticoli Clade Species in Vibrionaceae Reveal Genome Expansion With More Carbohydrate Metabolism Genes During Symbiotic to Planktonic Lifestyle Transition

著者 (3件)： Jiang Chunqi (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan) ,  Mino Sayaka (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan) ,  Sawabe Tomoo (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan)
資料名： Frontiers in Marine Science (Web)  (Frontiers in Marine Science (Web))
巻： 9  ページ： 844983  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7076A  ISSN： 2296-7745  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ビブリオ科は,最も多様な細菌科の1つであり,現在,ヒトと動物との共生関係において重要な役割を果たすいくつかのメンバーである50以上のクレードに分類される。現在10種:アワビ(共生)の腸に関連した8種,二枚貝からの1種(V.breoganii),および亜熱帯海水(プランクトン)からの1種(V.ishigakensis)から成るHaliticoliクレード。Haliticoliクレード種の進化,生態ゲノミクスおよびバイオテクノロジーにおける研究を加速するために,完全なゲノム配列に基づくゲノムバックボーンおよびパンゲノム解析が必要である。Haliticoliクレード種のゲノムサイズは3.5Mbから4.8Mbの範囲であり,V.ishigakensisが最大であった。8つのハウスキーピング遺伝子および125の単一コピーコア遺伝子に基づく多遺伝子座配列分析を用いた進化関係は,このクレードにおける5つのサブクレードの分割を明らかにした。1)V.breoganii,V.comitans,V.inusitatusおよびV.superstes,2)V.ezurae,V.neonatusおよびV.haliticoli,4)V.larus,4)V.gallicusおよび5)V.ishigakensis。機能および代謝推定と組み合わせた汎ゲノム分析は,プランクトン群(サブクレード5)が,特定の遺伝子の最大数および炭水化物代謝に関与するより多くの遺伝子,特にD-ガラクトナート分解をコード化している遺伝子を含むことを示した。これらの結果は,ゲノムが共生からプランクトン生活様式への進化の間,種々の炭水化物を利用するためのより多くの能力を得ることによって拡大したことを示した。さらに,炭水化物-Active enZymes(CAZy)プロファイリングに従って,PL6,PL7,PL15,およびPL17に分類されるアルギン酸分解酵素(aly)をコードする遺伝子は10ゲノムで共通であったが,サブクレード1は最も多かった。一方,サブクレード1と5は大型藻類基質分解(GHs)に関連する豊富な遺伝子も有し,それはサブクレード1と5のゲノム拡大にも関与する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  *共生 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  プランクトン ,  生態 ,  *ライフスタイル ,  *ゲノム ,  遺伝子座 ,  *生物分類 ,  亜熱帯 ,  二枚貝類 ,  *Vibrionaceae ,  遺伝学 ,  ハウスキーピング遺伝子
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  ゲノム配列 ,  *クレード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ビブリオ科 ,  海洋無脊椎動物 ,  共生 ,  プランクトン ,  Halioticoliクレード ,  完全ゲノム

分類 (2件)： 異種生物間相互作用  (EE01050A) ,  微生物の生態  (EG03040J)

引用文献 (61件)：

• Alikhan N. F., Petty N. K., Ben Zakour N. L., Beatson S. A. (2011). BLAST Ring Image Generator (BRIG): Simple Prokaryote Genome Comparisons. BMC Genomics 12, 402. doi: doi: 10.1186/1471-2164-12-402
• Aramaki T., Blanc-Mathieu R., Endo H., Ohkubo K., Kanehisa M., Goto S., et al. (2020). KofamKOALA: KEGG Ortholog Assignment Based on Profile HMM and Adaptive Score Threshold. Bioinformatics 36, 2251-2252. doi: doi: 10.1093/bioinformatics/btz859
• Beaz Hidalgo R., Cleenwerck I., Balboa S., Prado S., De Vos P., Romalde J. L. (2009). Vibrio Breoganii Sp. Nov., a Non-Motile, Alginolytic, Marine Bacterium Within the Vibrio Halioticoli Clade. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59, 1589-1594. doi: doi: 10.1099/ijs.0.003434-0
• Belghit I., Rasinger J. D., Heesch S., Biancarosa I., Liland N., Torstensen B., et al. (2017). In-Depth Metabolic Profiling of Marine Macroalgae Confirms Strong Biochemical Differences Between Brown, Red and Green Algae. Algal. Res. 26, 240-249. doi: doi: 10.1016/j.algal.2017.08.001
• Bertelli C., Laird M. R., Williams K. P., Lau B. Y., Hoad G., Winsor G. L., et al. (2017). IslandViewer 4: Expanded Prediction of Genomic Islands for Larger-Scale Datasets. Nucleic Acids Res. 45, W30-W35. doi: doi: 10.1093/nar/gkx343

タイトルに関連する用語 (9件)： Vibrionaceae ,  クレード ,  共生 ,  ライフスタイル ,  遷移 ,  炭水化物代謝 ,  遺伝子 ,  ゲノム ,  拡大