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J-GLOBAL ID：202202245795337764   整理番号：22A1178456

Oleaゲノム構造の特異進化【JST・京大機械翻訳】

The Singular Evolution of Olea Genome Structure

著者 (10件)： Mascagni Flavia (Department of Agriculture, Food and Environment, University of Pisa, Pisa, Italy) ,  Barghini Elena (Department of Agriculture, Food and Environment, University of Pisa, Pisa, Italy) ,  Ceccarelli Marilena (Department of Chemistry, Biology and Biotechnology, University of Perugia, Perugia, Italy) ,  Baldoni Luciana (CNR, Institute of Biosciences and BioResources, Perugia, Italy) ,  Trapero Carlos (CSIRO Agriculture & Food, Narrabri, NSW, Australia) ,  Trapero Carlos (Agronomy Department, University of Cordoba, Cordoba, Spain) ,  Diez Concepcion Munoz (Agronomy Department, University of Cordoba, Cordoba, Spain) ,  Natali Lucia (Department of Agriculture, Food and Environment, University of Pisa, Pisa, Italy) ,  Cavallini Andrea (Department of Agriculture, Food and Environment, University of Pisa, Pisa, Italy) ,  Giordani Tommaso (Department of Agriculture, Food and Environment, University of Pisa, Pisa, Italy)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 13  ページ： 869048  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 植物ゲノム進化の現在の見解は,ゲノムサイズがトランスポゾンの倍数化および増幅/損失によって主に決定され,タンデム反復のような他の反復配列によって果たされる役割が小さかった。栽培オリーブ(Olea europaea subsp.europaea var.europaea)において,利用可能なデータはゲノム進化の特異モデルを示唆し,そこではタンデム反復配列の大きな拡大が核構造の変化を伴った。この特異なシナリオは,Olea属の進化に焦点を当てることの重要性を強調し,現在のゲノム構造をもたらす機構に光を当てる。次世代配列決定技術,バイオインフォマティクス,およびin situハイブリダイゼーションを適用して,5つの関連Olea分類群のゲノム構造を研究し,それらの最後の共通祖先から異なる時間を引き起こした。平均して,Olea分類群の反復DNAは,全ゲノムのΔΨ=59%からΔΨ73%の範囲であり,組成に関して顕著な違いを示した。反復の中で,分析した分類群において異なる豊度を持つタンデム反復の11の主要ファミリーを同定し,その内の5つは新規発見であった。興味深いことに,全体的なタンデム反復豊度はレトロトランスポゾンのそれと逆相関した。この傾向は,これらの反復クラスの増殖における競争を意味する可能性がある。実際,O.paniculata,Olea共通祖先に最も近い種は,非常にわずかなタンデム反復配列を示し,一方,長い末端反復レトロトランスポゾンが豊富であり,タンデム反復の増幅がOlea祖先からの分岐後に起こることを示唆した。さらに,いくつかのタンデム反復は,密接に関連するO.europaea亜種(すなわち,栽培オリーブとO.europaea subsp.cuspidata)に物理的に局在化し,タンデム反復豊度において有意差を示した。4つのタンデム反復ファミリーに対して,両亜種において類似の数のハイブリダイゼーションシグナルが観察され,オリーブゲノム全体にわたるそれらの播種後,これらのタンデム反復ファミリーが各ゲノムにおいて同じ位置を維持するのに差次的に増幅されることを示した。全体として,我々の研究は,Olea種分化中のゲノム構造を形成する時間的動力学を同定し,それは高等植物におけるゲノム進化の特異モデルを表した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 植物 ,  *遺伝情報 ,  オリーブ ,  *ゲノム ,  栽培 ,  生物分類 ,  分子進化 ,  反復配列 ,  トランスポゾン ,  レトロトランスポゾン ,  *オリーブ属 ,  種分化
準シソーラス用語： 亜種 ,  バイオインフォマティクス ,  分類群 ,  ゲノムサイズ ,  *ゲノム構造 ,  ゲノム進化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Olea進化 ,  タンデムリピート ,  レトロトランスポゾン ,  ゲノム景観 ,  NGS分析 ,  ゲノム進化

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (104件)：

• Ambrožová K., Mandáková T., Bureš P., Neumann P., Leitch I. J., Koblížková A., et al. (2010). Diverse retrotransposon families and an AT-rich satellite DNA revealed in giant genomes of Fritillaria lilies. Ann. Bot. 107, 255-268. doi: doi: 10.1093/aob/mcq235
• Ammiraju J. S., Zuccolo A., Yu Y., Song X., Piegu B., Chevalier F., et al. (2007). Evolutionary dynamics of an ancient retrotransposon family provides insights into evolution of genome size in the genus Oryza. Plant J. 52, 342-351. doi: , PMID: doi: 10.1111/j.1365-313X.2007.03242.x
• Bachtrog D., Mahajan S., Bracewell R. (2019). Massive gene amplification on a recently formed drosophila Y chromosome. Nat. Ecol. Evol. 3, 1587-1597. doi: , PMID: doi: 10.1038/s41559-019-1009-9
• Barghini E., Mascagni F., Natali L., Giordani T., Cavallini A. (2015). Analysis of the repetitive component and retrotransposon population in the genome of a marine angiosperm, Posidonia oceanica (L.) Delile. Mar. Genomics 24, 397-404. doi: , PMID: doi: 10.1016/j.margen.2015.10.002
• Barghini E., Natali L., Cossu R. M., Giordani T., Pindo M., Cattonaro F., et al. (2014a). The peculiar landscape of repetitive sequences in the olive (Olea europaea L.) genome. Genome Biol. Evol. 6, 776-791. doi: , PMID: doi: 10.1093/gbe/evu058

タイトルに関連する用語 (3件)： Olea ,  ゲノム構造 ,  進化