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J-GLOBAL ID：202202247048904115   整理番号：22A0727062

炭水化物力場:立体配座崩壊の防止における小部分原子電荷の役割【JST・京大機械翻訳】

Carbohydrate Force Fields: The Role of Small Partial Atomic Charges in Preventing Conformational Collapse

著者 (4件)： Lazar Ryan D. (Department of Computer Science, University of Cape Town, South Africa) ,  Akher Farideh B. (Department of Computer Science, University of Cape Town, South Africa) ,  Ravenscroft Neil (Department of Chemistry, University of Cape Town, South Africa) ,  Kuttel Michelle M. (Department of Computer Science, University of Cape Town, South Africa)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 18  号： 2  ページ： 1156-1172  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 炭水化物に対する現在の添加物全原子力場の品質は多くの応用で実証されているが,異なる力場でモデル化された特異的多糖類の流体力学的挙動に関して報告された時折な有意差が懸念の原因である。特に,GLYCAM06j力場によるいくつかの多糖類シミュレーションに対して,不可逆的立体配座崩壊が注目された。ここでは,GLYCAM06jとCHARMM36炭水化物力場の両方を有する一連の糖類の比較シミュレーションによりこの現象の原因を調べた。著者らは,GLYCAM06jの立体配座崩壊が,比較的長いシミュレーション間隔後にデオキシ糖α-L-ラムノースを含む糖類鎖に対して起こることを見出した。さらに,立体配座崩壊の機構を調べ,α-L-Rhaのα-l-Rhaグリコシド結合への特異的配向の特定の配向のGLYCAM06j(量子力学計算と比較して)における異常な低エネルギーのためにこの現象が生じ,その後,糖類鎖における分子内相互作用によって持続することを示した。この異常の源としてGLYCAM中の脂肪族水素上の部分電荷の欠如を同定し,ラムノース中の脂肪族プロトンへの小さな部分原子電荷の付加が立体配座崩壊現象を除去することを示した。本研究は,小さな部分電荷が多糖類の動的挙動に持つ大きな累積影響を明らかにし,GLYCAM06j力場の将来の再パラメタリゼーションが,全ての脂肪族水素への部分電荷の添加を調べるべきであることを示した。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 化学結合 ,  シミュレーション ,  *電荷 ,  陽子 ,  *立体配座 ,  水素 ,  多糖類 ,  量子論 ,  モデリング ,  分子内相互作用 ,  グリコシド化 ,  *力の場 ,  パラメタリゼーション ,  ヘキソース ,  アルドース ,  デオキシ糖
準シソーラス用語： 低エネルギー ,  グリコシド結合 ,  糖質 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  糖質・糖鎖一般  (EB06010I)

物質索引 (1件)： ラムノース

タイトルに関連する用語 (5件)： 炭水化物 ,  力場 ,  立体配座 ,  崩壊 ,  役割