文献

J-GLOBAL ID：202202247218582123   整理番号：22A0944798

全ゲノム配列決定データにより明らかにしたNelore牛における選択の特徴【JST・京大機械翻訳】

Signatures of selection in Nelore cattle revealed by whole-genome sequencing data

著者 (7件)： Maiorano Amanda Marchi (Faculdade de Ciencias Agrarias e Veterinarias, Universidade Estadual Paulista “Julio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, Sao Paulo, Brazil) ,  Maiorano Amanda Marchi (Faculdade de Medicina Veterinaria, Universidade Federal de Uberlandia, Uberlandia, Minas Gerais, Brazil) ,  Cardoso Diercles Francisco (University of Guelph, Ontario, Canada) ,  Carvalheiro Roberto (Faculdade de Ciencias Agrarias e Veterinarias, Universidade Estadual Paulista “Julio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, Sao Paulo, Brazil) ,  Junior Gerardo Alves Fernandes (Faculdade de Ciencias Agrarias e Veterinarias, Universidade Estadual Paulista “Julio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, Sao Paulo, Brazil) ,  de Albuquerque Lucia Galvao (Faculdade de Ciencias Agrarias e Veterinarias, Universidade Estadual Paulista “Julio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, Sao Paulo, Brazil) ,  de Oliveira Henrique Nunes (Faculdade de Ciencias Agrarias e Veterinarias, Universidade Estadual Paulista “Julio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, Sao Paulo, Brazil)
資料名： Genomics  (Genomics)
巻： 114  号： 2  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0422A  ISSN： 0888-7543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 牛品種は,牛肉市場における経済的重要性と熱帯への適応により世界中で養殖された。ブラジルでは,ピューブレッドNelore動物(PO)は,動物の遺伝子学と形態学的特性化に基づいて,育種家の会合から証明書を受ける。優れた動物のトップ20から30%は,同定と生産(CEIP)の特別な認証を受けるのに適格であり,このカテゴリーからの動物を選抜し,経済的に重要な形質を改善するために育種プログラムで評価した。POおよびCEIPカテゴリーから動物を比較することにより,Neloreウシにおける選択シグネチャの領域を検出するために,ハプロタイプ分化および対立遺伝子分化に基づく全ゲノム配列決定およびアプローチを用いた。全部で150匹の動物から,階層的クラスタリング分析を行い,各カテゴリー(16のPOと40のCEIP)からより無関係な動物を選択した。hapFLK統計を行い,hapFLK値の延長を,有意なq値を有する連続領域を考慮して検討した。WirとCockerhamのFst推定量(wcFst)をGPAT++ソフトウェアライブラリを用いて計算した。hapFLK値を有する合計82,326のSNPはFDR制御(q値<0.05)を通過し,718のセグメントは選択の署名として標的であった。合計1713の高度に分化したゲノム領域を,セグメントFstアプローチに基づいて同定した。選択のシグネチャはゲノム全体にわたって広がった。2つの方法の間の重複選択署名領域の注釈は,共通で118の遺伝子を明らかにした。BOLA-DRB3遺伝子の3′領域内に位置する変異体が有望な候補多型として見出された。注目に値するゲノム領域内では,熱帯環境(HELB),成長およびネーブルサイズ(HMGA2),脂肪沈着および家畜化(IRAK3)および飼料効率および死後屠畜体形質(GABRG3)への適応と以前に関連する遺伝子を見出した。染色体23上の遺伝子BOLA-DQA2,BOLA-DQB,BOLA-DQA5,BOLA-DQA1,BOLA-DRB3,ENSBTG00000038397は,ウシMajor組織適合性複合体(MHC)クラスII遺伝子ファミリーの一部であり,免疫応答と熱帯条件への適応のための良い候補を示す。BoLAファミリー遺伝子とSLIT遺伝子によるROBO1の相互作用は,濃縮結果に現れた。イントロン領域に位置するゲノム領域も同定し,POとCEIP亜集団の選択下の形質において調節的役割を果たす可能性がある。ここで同定された領域は,この品種で選択された複雑な形質において重要な役割を持つ遺伝子と変異体に関する我々の知識に寄与する。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  遺伝子 ,  *ウシ ,  牛肉 ,  *ヌクレオチド配列 ,  分化 ,  *ゲノム ,  育種 ,  複合体 ,  熱帯 ,  品種 ,  対立遺伝子 ,  イントロン ,  ハプロタイプ
準シソーラス用語： *ゲノム配列 ,  家畜化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 適応 ,  対立遺伝子頻度 ,  Bos indicus ,  ゲノミクス ,  ハプロタイプ ,  選択的署名

分類 (1件)： 牛  (FD02020Y)

タイトルに関連する用語 (2件)： ゲノム配列 ,  牛