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J-GLOBAL ID：202202248462701997   整理番号：22A1115740

DepMap CRISPRスクリーンにより検出される頭頸部癌細胞株の標的化可能な脆弱性【JST・京大機械翻訳】

Targetable Vulnerabilities of Head and Neck Cancer Cell Lines Detected by the DepMap CRISPR Screens

著者 (5件)： Cao A.C. (Department of Otorhinolaryngology - Head and Neck Surgery, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA) ,  Rajagopalan P. (Department of Otorhinolaryngology - Head and Neck Surgery, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA) ,  Gimotty P.A. (Department of Biostatistics, Epidemiology & Informatics, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA) ,  Brody R. (Department of Otorhinolaryngology - Head and Neck Surgery, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA) ,  Basu D. (Department of Otorhinolaryngology - Head and Neck Surgery, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA)
資料名： International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics  (International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics)
巻： 113  号： 1  ページ： e1-e2  発行年： 2022年 
JST資料番号： B0262B  ISSN： 0360-3016  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 機能CRISPRスクリーニングのDepMapゲノムワイド損失は,HPV(-)頭頚部扁平上皮癌(HNSCC)細胞株における遺伝子依存性への新しい洞察を提供する。治療窓を提供すると予測される標的化可能な依存性をカタログ化することにより前臨床研究を誘導するためにこのデータを利用することを目的とした。また,遺伝的変化および依存性プロファイルの間の関連の試験によって,潜在的合成致死率を示す標的を同定することを目的とした。DepMapは,62のHPV(-)HNSCCs+15ESCCを含む77の腫瘍からの細胞株における遺伝子確率と効果スコアのために質問され,それは同等の病因と遺伝的プロファイルを有した。≧0.5の確率スコアを,必須性のための閾値として使用した。必須遺伝子を3つの基準によって分析のために選択した。(1)≧10%細胞株の存在,(2)正常ヒト細胞系の事前CRISPRスクリーニングにおける一般的必須性の欠如,(3)薬物-グラフェン相互作用データベースによる薬物としてのデザイン。遺伝子セット濃縮分析(GSEA)は,ホールマーク遺伝子セットを使用して実行した。DepMap遺伝子効果スコアを用いて,EGFR(0.66)より大きい中央値スコアに基づく有用な治療窓を持つと思われる標的を優先させたが,一般的必須遺伝子(1.0)よりも少なかった。オープンターゲットプラットフォームを用いて,他の癌および/または非悪性疾患に対する試験に用いた阻害剤の標的を同定した。依存性と遺伝的変化の間の関係を,p<0.05のフィルタ条件および1以上の効果サイズで,2サンプルt検定を用いて定義した。選択基準に適合する231遺伝子は,0.56の中央値遺伝子効果スコアを有した。基準は,PIK3CAのような既知の癌遺伝子であるTYMS(5-FU),チューブリン遺伝子(パクリタキセル),EGFR(セツキシマブ)を含む標準治療薬の標的を捕捉した。GSEAは,PI3K/AKTおよびJAK/STATを含む既知の発癌性シグナリング経路の濃縮およびDNA修復およびアポトーシスのような特徴的な癌過程を示した。90%はOncoKBデータベースの癌遺伝子ではなかった。44の遺伝子は,既知の癌促進役割のない7つ,すなわちOTOP1,DHRSX,UTP11,MBTPS1,SLC25A3,PPIAL4G,およびRBM10.17%が,癌で以前に試験されていない10の標的を含む,非HNSCC第II相試験に達する阻害剤を有した。EGFRと一般的必須遺伝子に対する中央値の中央値遺伝子効果スコアを有した。。” OTOP1,DHRSX,UTP11,MBTPS1,SLC25A3,PPIAL4G,およびRBM10.17%は,癌で以前に試験されていない10の標的を含んだ。依存性と遺伝的変化の間の新規関連は,NOTCH1mutによるDDX3X,CDKN2Amutを有するITGB1,およびHRASmutを有するATP1A1を含んだ。HNSCCの細胞株モデルにおける多数の標的化可能な依存性をカタログした。よく研究された標的は捕獲されたが,多くの遺伝子は悪性腫瘍において既知の役割を欠いている。他の疾患で試験した阻害剤の標的は,前臨床研究を誘導するためのさらなる資源を提供する。HNSCCにおける既知の分子サブグループとのいくつかの依存性の関連は,治療を個人化するために細胞株モデルの使用を増強する可能性がある。A.C.Cao:誰もなかった。P.Rajagpalan:No.P.A.Gimotty:No.R.Brody:No.D.Basu;Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  データベース ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  ヒト ,  DNA修復 ,  スクリーニング ,  癌遺伝子 ,  *ターゲティング ,  アポトーシス ,  EGF受容体 ,  ハウスキーピング遺伝子 ,  病因
準シソーラス用語： *細胞株 ,  悪性腫瘍 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 腫ようの実験的治療  (GE02040Y) ,  耳・鼻・咽頭・喉頭の腫よう  (GQ04000E)

タイトルに関連する用語 (6件)： CRISPR ,  スクリーン ,  頭頸部癌 ,  細胞株 ,  標的化 ,  脆弱性