文献

J-GLOBAL ID：202202248956965303   整理番号：22A0433130

デング熱エンベロープ蛋白質に対する抗体模倣蛋白質設計のための分子動力学シミュレーションとGaussネットワークモデル【JST・京大機械翻訳】

Molecular dynamics simulations and Gaussian network model for designing antibody mimicking protein towards dengue envelope protein

著者 (11件)： Lim Chong Wei (Department of Chemistry, Center of Theoretical and Computational Physics, Faculty of Science, Universiti Malaya, Kuala Lumpur 50603, Malaysia) ,  Vao-soongnern Visit (Laboratory of Computational and Applied Polymer Science (LCAPS), School of Chemistry, Institute of Science, Suranaree University of Technology, Nakhon Ratchasima 30000, Thailand) ,  Nimmanpipug Piyarat (Department of Chemistry and Center of Excellence for Innovation in Analytical Science and Technology, Faculty of Science, Chiang Mai University, Chiang Mai 50200, Thailand) ,  Tayapiwatana Chatchai (Division of Clinical Immunology, Center of Biomolecular Therapy and Diagnostic, Center of Innovative Immunodiagnostic Development, Department of Medical Technology, Faculty of Associated Medical Sciences, Chiang Mai University, Chiang Mai 50200, Thailand) ,  Lin Jung-Hsin (Research Center for Applied Sciences, Academic Sinica, Taipei, Taiwan) ,  Lin Jung-Hsin (Institute of Biomedical Sciences, Academia Sinica, Taipei, Taiwan) ,  Lin Yi-Ling (Institute of Biomedical Sciences, Academia Sinica, Taipei, Taiwan) ,  Yee Chee Hui (Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine and Health Sciences, Universiti Putra Malaysia, Selangor 43400, Malaysia) ,  Md Zain Sharifuddin (Department of Chemistry, Center of Theoretical and Computational Physics, Faculty of Science, Universiti Malaya, Kuala Lumpur 50603, Malaysia) ,  Abd Rahman Noorsaadah (Department of Chemistry, Center of Theoretical and Computational Physics, Faculty of Science, Universiti Malaya, Kuala Lumpur 50603, Malaysia) ,  Sanghiran Lee Vannajan (Department of Chemistry, Center of Theoretical and Computational Physics, Faculty of Science, Universiti Malaya, Kuala Lumpur 50603, Malaysia)
資料名： Journal of Molecular Liquids  (Journal of Molecular Liquids)
巻： 346  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： B0924A  ISSN： 0167-7322  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： WHOによって報告されたように,デング熱に感染した人々の数は390百万年に達し,デング熱の世界的発生率は大いに成長した。デング熱治療に対する特異的薬剤は開発中であるが,デング熱ウイルス(DENV)のドメインIII(DIII)エンベロープ(E)蛋白質に結合したいくつかの抗体がウイルス侵入過程を妨げることを見出した。本研究では,蛋白質-蛋白質相互作用のための多目的足場の1つであるアンキリン反復蛋白質(DARPins)を設計し,DENV-2のドメインIII(DIII)E蛋白質と結合する抗体の相互作用を模倣する可能性を調べた。DARPinとDIII錯体を最初に分子ドッキング過程により生成し,100nsのAMBER14プログラムに関する分子動力学シミュレーションを行った。自由エネルギー計算を分子力学一般化Born表面積(MM-GBSA)下で行い,蛋白質の結合親和性を予測し,また結合界面上の重要な残基を配置した。次に,DIIIDENV-2に対するより高い電位を有するDARPin鋳型を,DIIIDENV-2に対する結合親和性を改善するために,計算部位特異的変異誘発によりさらに設計した。次に,弾性ネットワークモデルであるGaussネットワークモデル(GNM)を用いて,大域的モード形状,あるいは言い換えれば,蛋白質の動力学を調べた。大域的モード形状のミニマは制限運動を有する残基であり,それらの幾つかは結合相互作用に関与する重要な残基であった。大域的モード形状および結合自由エネルギーは,低い結合自由エネルギーを有する蛋白質複合体として相関することが観察された。シミュレートした技術は,DENV-2のE蛋白質への結合におけるDARPinsの設計における構造動力学とエネルギー寄与の理解に貴重なツールを提供する。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  電位 ,  *抗体 ,  *タンパク質 ,  *デング熱 ,  タンパク質複合体 ,  部位特異的変異誘発
準シソーラス用語： デングウイルス ,  結合親和性 ,  蛋白質間相互作用 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *エンベロープ蛋白質 ,  分子ドッキング ,  結合自由エネルギー ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： DARPins ,  デング熱 ,  分子動力学シミュレーション ,  Gaussネットワークモデル ,  グローバルモード形状

分類 (5件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  生化学的分析法  (EA03030G) ,  ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  免疫療法薬・血液製剤の基礎研究  (GW22010D) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (7件)： デング熱 ,  エンベロープ蛋白質 ,  抗体 ,  模倣 ,  蛋白質設計 ,  分子動力学シミュレーション ,  ネットワークモデル