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J-GLOBAL ID：202202249632003909   整理番号：22A1178553

急性虚血性脳卒中における競合的内因性RNAネットワークの統合解析【JST・京大機械翻訳】

Integrated Analysis of Competitive Endogenous RNA Networks in Acute Ischemic Stroke

著者 (8件)： Wu Zongkai (1Department of Neurology, Hebei Medical University, Shijiazhuang, China) ,  Wu Zongkai (2Department of Neurology, Hebei General Hospital, Shijiazhuang, China) ,  Wei Wanyi (2Department of Neurology, Hebei General Hospital, Shijiazhuang, China) ,  Fan Hongzhen (2Department of Neurology, Hebei General Hospital, Shijiazhuang, China) ,  Gu Yongsheng (2Department of Neurology, Hebei General Hospital, Shijiazhuang, China) ,  Li Litao (2Department of Neurology, Hebei General Hospital, Shijiazhuang, China) ,  Wang Hebo (1Department of Neurology, Hebei Medical University, Shijiazhuang, China) ,  Wang Hebo (2Department of Neurology, Hebei General Hospital, Shijiazhuang, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 833545  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:急性虚血性脳卒中(AIS)は,複雑な病態生理を有する重度の神経疾患であり,障害と死亡を生じる。本研究の目的は,AISの根底にある分子機構と,新しい潜在的バイオマーカーと治療標的を探索することである。方法:遺伝子発現Omnibus(GEO)からダウンロードしたmRNAとmiRNAプロファイルの統合解析を行った。AIS後の差次的発現遺伝子(DEG)と差次的発現miRNA(DEMirs)を調べた。DEGのDEMirsと標的miRNAsの標的mRNAを標的予測ツールで予測し,DEGと標的遺伝子間の交差を決定した。その後,遺伝子およびゲノム(KEGG)経路濃縮分析,遺伝子セット濃縮分析(GSEA),遺伝子セット変異分析(GSVA),競合内因性RNA(ceRNA)(lncRNA-miRNA-mRNA)ネットワーク,蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークおよび遺伝子転写因子(TFs)ネットワーク分析の遺伝子オントロジー(GO)および京都エンシクロペディアを,ハブ遺伝子および関連経路を同定するために実施した。さらに,著者らは,免疫細胞浸潤の評価によるAISサンプルを得て,CIBERSORTを用いて,ハブ遺伝子と浸潤免疫細胞の発現の間の関係を決定した。最後に,薬剤感受性に対する同定された標的の影響を予測するために,癌(GDSC)データベースにおける薬剤感受性のゲノムを用いた。結果:AISに関連する293のDEGと26のDEMirを同定した。DEGは主に炎症と免疫関連シグナル伝達経路に濃縮分析を通して濃縮されることを見出した。ceRNAネットワークは,9つのlncRNA,13のmiRNAと21のmRNAを含んだ。基準AUC>0.8を用い,3遺伝子シグネチャ(FBL,RPS3およびRPS15)およびAISにおける異常に発現されたmiRNA(hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-125b-5p,hsa-miR-148b-3p,およびhsa-miR-143-3p)をスクリーニングし,HT22細胞における定量的PCR(qPCR)の方法により確認した。” Hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-125b-5p,hsa-miR-148b-3p,およびhsa-miR-143-3p]を,HT22細胞中の定量的PCR法(qPCR)により検査した.。” Hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-125b-5p,hsa-miR-148b-3p,およびhsa-miR-143-3p]。T細胞CD8,B細胞ナイーブ,および活性化NK細胞は,急性脳梗塞群と比較して,数で統計学的に増加した。薬物に対する患者のIC_50の予測により,AZD0530,Z.LLNle.群間で有意差を有するCHOとNSC-87877をスクリーニングした。AISは,疾患の発生と発達と相関する免疫浸潤における不均一性を示した。結論:これらの所見はAISの分子機構のより良い理解に寄与し,AISにおける新規治療標的の開発の基礎を提供する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ターゲット ,  データベース ,  *ネットワーク ,  浸潤 ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  遺伝子 ,  炎症 ,  タンパク質 ,  神経系疾患 ,  機構 ,  遺伝子発現 ,  転写因子 ,  バイオマーカー
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  分子機構 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 急性虚血性脳卒中 ,  差次的発現遺伝子 ,  差次的発現miRNA ,  機能的濃縮分析 ,  競合的内因性RNA ,  蛋白質-蛋白質相互作用 ,  qPCR解析

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  核酸一般  (EB04010U)

引用文献 (85件)：

• AdamsH. P.Jr., BendixenB. H., KappelleL. J., BillerJ., LoveB. B., GordonD. L., et al (1993). Classification of Subtype of Acute Ischemic Stroke. Definitions for Use in a Multicenter Clinical Trial. TOAST. Trial of Org 10172 in Acute Stroke Treatment. Stroke 24 (1), 35-41. doi: 10.1161/01.str.24.1.35
• AkobengA. K. (2007). Understanding Diagnostic Tests 3: Receiver Operating Characteristic Curves. Acta Paediatr. 96 (5), 644-647. doi: 10.1111/j.1651-2227.2006.00178.x
• AllenC., ThorntonP., DenesA., McCollB. W., PierozynskiA., MonestierM., et al (2012). Neutrophil Cerebrovascular Transmigration Triggers Rapid Neurotoxicity through Release of Proteases Associated with Decondensed DNA. J. Immunol. 189 (1), 381-392. doi: 10.4049/jimmunol.1200409
• BanerjeeS., CuiH., XieN., TanZ., YangS., IcyuzM., et al (2013). miR-125a-5p Regulates Differential Activation of Macrophages and Inflammation. J. Biol. Chem. 288 (49), 35428-35436. doi: 10.1074/jbc.M112.426866
• BarrT. L., ConleyY., DingJ., DillmanA., WarachS., SingletonA., et al (2010). Genomic Biomarkers and Cellular Pathways of Ischemic Stroke by RNA Gene Expression Profiling. Neurology 75 (11), 1009-1014. doi: 10.1212/WNL.0b013e3181f2b37f

タイトルに関連する用語 (3件)： 急性虚血性脳卒中 ,  競合的内因性RNA ,  統合解析