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J-GLOBAL ID：202202252079235631   整理番号：22A1178541

単一細胞における遺伝子発現と遺伝的変異の統合分析のためのMOCA【JST・京大機械翻訳】

MOCA for Integrated Analysis of Gene Expression and Genetic Variation in Single Cells

著者 (9件)： Huzar Jared (1Institute for Genomics and Evolutionary Medicine, Temple University, Philadelphia, PA, United States) ,  Huzar Jared (2Department of Biology, Temple University, Philadelphia, PA, United States) ,  Kim Hannah (1Institute for Genomics and Evolutionary Medicine, Temple University, Philadelphia, PA, United States) ,  Kim Hannah (2Department of Biology, Temple University, Philadelphia, PA, United States) ,  Kumar Sudhir (1Institute for Genomics and Evolutionary Medicine, Temple University, Philadelphia, PA, United States) ,  Kumar Sudhir (2Department of Biology, Temple University, Philadelphia, PA, United States) ,  Kumar Sudhir (3Center for Excellence in Genomic Medicine and Research, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia) ,  Miura Sayaka (1Institute for Genomics and Evolutionary Medicine, Temple University, Philadelphia, PA, United States) ,  Miura Sayaka (2Department of Biology, Temple University, Philadelphia, PA, United States)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 831040  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 癌において,体細胞変異は連続的に発生し,細胞集団を進化させる。これらの体細胞変異は,後成的修飾と環境変化により変化する細胞遺伝子発現パターンの進化をもたらす。細胞の分子進化軌跡による遺伝子発現変化の一致を調べることにより,遺伝子発現パターンの進化に対する体細胞変異の役割を調べた。単一細胞RNA配列決定プロファイルから遺伝子発現と遺伝的変異を共同分析するために,マルチOmics Concordance Analysis(MOCA)ソフトウェアを提示する。MOCA出力細胞と遺伝子は機能的ゲノムにおいて収束と分岐遺伝子発現パターンを示す。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  *細胞 ,  腫瘍 ,  *変異 ,  ゲノム ,  分子進化 ,  ソフトウェア ,  *遺伝子発現
準シソーラス用語： 環境変化 ,  *単一細胞 ,  体細胞突然変異 ,  *遺伝的変異 ,  遺伝子発現パターン ,  細胞集団 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 腫瘍進化 ,  単一細胞RNA配列決定 ,  遺伝子発現軌跡 ,  細胞系統発生 ,  マルチオミクス解析

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (37件)：

• BaronM., VeresA., WolockS. L., FaustA. L., GaujouxR., VetereA., et al (2016). A Single-Cell Transcriptomic Map of the Human and Mouse Pancreas Reveals Inter- and Intra-cell Population Structure. Cell Syst 3 (4), 346-360.e344. doi: 10.1016/j.cels.2016.08.011
• BortolussiN., DurandE., BlumM., FrançoisO. (2006). apTreeshape: Statistical Analysis of Phylogenetic Tree Shape. Bioinformatics 22 (3), 363-364. doi: 10.1093/bioinformatics/bti798
• BurrellR. A., McGranahanN., BartekJ., SwantonC. (2013). The Causes and Consequences of Genetic Heterogeneity in Cancer Evolution. Nature 501 (7467), 338-345. doi: 10.1038/nature12625
• ChenZ., GongF., WanL., MaL. (2020). RobustClone: a Robust PCA Method for Tumor Clone and Evolution Inference from Single-Cell Sequencing Data. Bioinformatics 36 (11), 3299-3306. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa172
• DavisA., GaoR., NavinN. (2017). Tumor Evolution: Linear, Branching, Neutral or Punctuated? Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer 1867 (2), 151-161. doi: 10.1016/j.bbcan.2017.01.003

タイトルに関連する用語 (6件)： 単一細胞 ,  遺伝子発現 ,  遺伝的変異 ,  統合 ,  分析 ,  MOCA