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J-GLOBAL ID：202202252945089267   整理番号：22A0582735

GRAND:Gossypiumのための統合ゲノム,トランスクリプトーム資源および遺伝子ネットワークデータベース【JST・京大機械翻訳】

GRAND: An Integrated Genome, Transcriptome Resources, and Gene Network Database for Gossypium

著者 (7件)： Zhang Zhibin (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Chai Mao (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Yang Zhaoen (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Yang Zhaoen (Zhengzhou Research Base, State Key Laboratory of Cotton Biology, Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Yang Zuoren (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Yang Zuoren (Zhengzhou Research Base, State Key Laboratory of Cotton Biology, Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Fan Liqiang (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 13  ページ： 773107  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ワタオミクスデータ量の増加により,育種科学者は,効果的な育種情報を採掘するために大規模ワタデータを使用する方法の問題に直面している。ここでは,18のワタゲノム配列,ゲノム注釈,2つのワタゲノム変異情報,およびGossypium種に対する4つのトランスクリプトームを統合するGossypium Resource and Network Database(GRAND)を構築した。GRANDは,柔軟な探索システム,BLASTおよびBLATセット,オルソログ遺伝子ID,共発現遺伝子のネットワーク,プライマー設計,GbrowseおよびJbrowse,および描画装置を含むツールボックスの助けを借りて,このデータを探索およびマイニングすることを可能にする。GRANDはGossypium資源に関する重要な情報を提供し,有望にワタ品種を栽培する進歩を加速することができる。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *データベース ,  *ネットワーク ,  *遺伝子 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  育種 ,  品種 ,  遺伝子発現 ,  *ワタ属 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： BLAST ,  ツールキット ,  オルソログ遺伝子 ,  ゲノム配列 ,  *遺伝子ネットワーク ,  共発現 ,  分子配列注釈 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ワタ ,  ゲノム ,  比較ゲノミクス ,  変化 ,  GranD

分類 (2件)： 繊維料作物  (FC03077U) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (29件)：

• Ashburner M., Ball C. A., Blake J. A., Botstein D., Butler H., Cherry J. M., et al. (2000). Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium. Nat. Genet. 25, 25-29. doi: , PMID: doi: 10.1038/75556
• Buels R., Yao E., Diesh C. M., Hayes R. D., Munoz-Torres M., Helt G., et al. (2016). JBrowse: a dynamic web platform for genome visualization and analysis. Genome Biol. 17:66. doi: , PMID: doi: 10.1186/s13059-016-0924-1
• Cai Y., Cai X., Wang Q., Wang P., Zhang Y., Cai C., et al. (2019). Genome sequencing of the Australian wild diploid species Gossypium australe highlights disease resistance and delayed gland morphogenesis. Plant Biotechnol. J. 18, 814-828. doi: , PMID: doi: 10.1111/pbi.13249
• Chen Z. J., Sreedasyam A., Ando A., Song Q., de Santiago L. M., Hulse-Kemp A. M., et al. (2020). Genomic diversifications of five Gossypium allopolyploid species and their impact on cotton improvement. Nat. Genet. 52, 525-533. doi: , PMID: doi: 10.1038/s41588-020-0614-5
• Du X., Huang G., He S., Yang Z., Sun G., Ma X., et al. (2018). Resequencing of 243 diploid cotton accessions based on an updated A genome identifies the genetic basis of key agronomic traits. Nat. Genet. 50, 796-802. doi: , PMID: doi: 10.1038/s41588-018-0116-x

タイトルに関連する用語 (7件)： Gossypium ,  統合 ,  ゲノム ,  トランスクリプトーム ,  資源 ,  遺伝子ネットワーク ,  データベース