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J-GLOBAL ID：202202253025796984   整理番号：22A0647354

分子動力学シミュレーションのグレアを通した脳マラリアに関与する宿主-寄生虫蛋白質相互作用の解読【JST・京大機械翻訳】

Decoding the Host-Parasite Protein Interactions Involved in Cerebral Malaria Through Glares of Molecular Dynamics Simulations

著者 (6件)： Indari Omkar (Department of Biosciences and Biomedical Engineering, Indian Institute of Technology Indore, MP, India) ,  Sk Md Fulbabu (Department of Biosciences and Biomedical Engineering, Indian Institute of Technology Indore, MP, India) ,  Jakhmola Shweta (Department of Biosciences and Biomedical Engineering, Indian Institute of Technology Indore, MP, India) ,  Jonniya Nisha Amarnath (Department of Biosciences and Biomedical Engineering, Indian Institute of Technology Indore, MP, India) ,  Jha Hem Chandra (Department of Biosciences and Biomedical Engineering, Indian Institute of Technology Indore, MP, India) ,  Kar Parimal (Department of Biosciences and Biomedical Engineering, Indian Institute of Technology Indore, MP, India)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 126  号： 2  ページ： 387-402  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マラリアは毎年数百万の死亡を引き起こす。マラリア寄生虫は,ヒト赤血球内のそのライフサイクルのかなりの部分を占める。赤血球の他に,赤血球膜蛋白質-1(PfEMP1)のような赤血球表面に種々の蛋白質を合成し,表示する。この蛋白質は配列多様性に基づく多くのサブタイプを持つシステインリッチドメイン間領域(CIDR)ドメインを含み,宿主分子とクロストークできる。CIDRα1.4サブタイプは,宿主内皮蛋白質C受容体(EPCR)を付着できる。この相互作用は,脳内皮への感染赤血球接着とその後の脳マラリアの発生を促進する。分子動力学シミュレーションにより,分子力学Poisson-Boltzmann表面積(MM/PBSA)法と結合して,CIDRα1-EPCR複合体における相互作用の機構を検討した。EPCR非結合及び結合(複合体)型を持つ2つのCIDRα1分子(HB3-単離体var03-遺伝子及びIT4-単離体var07-遺伝子によりコードされた)の構造挙動を調べた。アポにおけるHB3var03CIDRα1とEPCRとの複合体化は,IT4var07CIDRα1よりも比較的安定であった。両錯体は2つの異なる立体配座エネルギー状態を採用した。疎水性残基は両錯体の結合において重要な役割を果たした。HB3var03CIDRα1-EPCRでは,優勢なエネルギー成分は全極性相互作用であり,一方,IT4var07CIDRα1-EPCRでは,一次相互作用はvan der Waalsと非極性溶媒和エネルギーであった。本研究はまた,関連する立体配座運動と二次構造進化のような詳細を明らかにした。さらに,蛋白質-蛋白質認識に関与する様々なホットスポット残基を解明した。全体として,著者らの研究は,非結合及び受容体結合状態におけるCIDR分子の構造的挙動に関する付加的情報を提供し,強力な阻害剤の設計を助けるであろう。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 接着 ,  立体配座 ,  *計算機シミュレーション ,  赤血球 ,  疎水性 ,  遺伝子 ,  *寄生虫 ,  受容体 ,  ヒト ,  *マラリア ,  二次構造 ,  複合体 ,  膜タンパク質 ,  ホットスポット
準シソーラス用語： ドメイン構造 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子動力学シミュレーション ,  グレア ,  脳マラリア ,  宿主 ,  寄生虫 ,  蛋白質相互作用 ,  解読