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J-GLOBAL ID：202202253416142958   整理番号：22A1058231

マイクロ秒分子動力学シミュレーションによるウシβ-ラクトグロブリンのTanford転移の構造的機構【JST・京大機械翻訳】

Structural mechanism of the Tanford transition of bovine β-lactoglobulin through microsecond molecular dynamics simulations

著者 (1件)： Bello Martiniano (Laboratorio de Modelado Molecular, Bioinformatica y Diseno de Farmacos de la Escuela Superior de Medicina, Instituto Politecnico Nacional, Mexico City, Mexico)
資料名： Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (Journal of Biomolecular Structure and Dynamics)
巻： 40  号： 7  ページ： 3011-3023  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5935A  ISSN： 0739-1102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： X線分析は,pH7付近で生じ,pH7以下で蛋白質の内部空洞を閉鎖し,pH7以上で開口する蓋として作用する,Tanford転移として知られるβ-ラクトグロブリン(BLG)のpH駆動配座転移に関する構造データを提供した。野生型BLGを用いたNMR研究は,タンフォード転移の説明を試みる問題に直面したが,二量体BLG変異体を用いた重要な洞察を提供し,EFループの開口と閉鎖がマイクロ秒とミリ秒時間スケールでの2種類の運動から成ることを明らかにした。これは,この構造変化の理解が原子レベルでまだ不足しているけれども,二量体状態がTanford転移を研究するための良いモデルであることを示す貴重な情報を提供する。Tanford転移を探索するために,プロトン化及び脱プロトン化E89を有する単量体及び二量体状態におけるBLGの異なる立体配座から出発するマイクロ秒分子動力学(MD)シミュレーションを行った。本結果はBLGにおける閉鎖から開放立体配座への遷移に対する構造情報を提供し,NMR実験で観察された高速運動と一致して,マイクロ秒時間スケールで二量体状態で起こることを示した。さらに,MMGBSA法と組み合わせたMDシミュレーションは,開放状態のBLGの最も密集した配座異性体が,結晶学的実験で得られた中性pHでBLGと類似の親和性を持つ配位子を結合できることを示した。Ramaswamy H.Sarmaによって共用した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： NMR【磁気共鳴】 ,  *シミュレーション ,  立体配座 ,  配座転移 ,  プロトン化 ,  *ウシ ,  突然変異体 ,  *ラクトグロブリン ,  単量体 ,  二量体 ,  変化 ,  *分子動力学 ,  野生型 ,  脱プロトン
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  構造変化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： β-ラクトグロブリン ,  結合自由エネルギー計算 ,  Tanford遷移 ,  分子動力学シミュレーション ,  パルミチン酸 ,  ドデシル硫酸塩

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (4件)： マイクロ秒 ,  分子動力学シミュレーション ,  ウシ ,  β-ラクトグロブリン