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J-GLOBAL ID：202202253656935675   整理番号：22A0441052

パクバイオ単分子リアルタイムシークエンシングを用いたHeliocidaris crassispinaの全長さトランスクリプトーム配列決定【JST・京大機械翻訳】

Full-length transcriptome sequencing of Heliocidaris crassispina using PacBio single-molecule real-time sequencing

著者 (4件)： Huang Yongyu (Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Fisheries College, Jimei University, Xiamen, 361021, China) ,  Zhang Lili (Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Fisheries College, Jimei University, Xiamen, 361021, China) ,  Huang Shiyu (Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Fisheries College, Jimei University, Xiamen, 361021, China) ,  Wang Guodong (Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Fisheries College, Jimei University, Xiamen, 361021, China)
資料名： Fish & Shellfish Immunology  (Fish & Shellfish Immunology)
巻： 120  ページ： 507-514  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1617A  ISSN： 1050-4648  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高スループット配列データの欠如は,Heliocidaris crassispinaの研究進展を遅くする。したがって,PacBio単一分子リアルタイムシークエンシングを用いて,最初の完全長トランスクリプトームを生成した。ここでは,31,181のイソ型が得られ,平均長は2383.20,N50は2732bpであった。一方,764のオルタナティブスプライシング(AS)イベント,5098の長鎖非コードRNA(LncRNA),6978の単純配列反復(SSR),および950の仮想転写物因子(TF)を同定した。さらに,Toll様受容体(TLR),NACHTドメイン及びロイシンリッチ反復(NLR),スカベンジャー受容体システインリッチ(SRCR),ペプチドグリカン認識蛋白質(PGRP)及びグラム陰性結合蛋白質(GNBP)を含む5つの重要な先天性免疫パターン認識受容体(PRRs)をトランスクリプトームにおいて検索した。さらに,KEGGとGO免疫系に富む37のアイソフォームも検出された。本研究は,H.crassispinaに関する現在の研究のための豊富なデータサポートを提供した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 選択的スプライシング ,  スカベンジャー受容体 ,  Toll様受容体 ,  *トランスクリプトーム ,  自然免疫
準シソーラス用語： 免疫系 ,  *単一分子 ,  アイソフォーム ,  ドメイン構造 ,  結合蛋白質 ,  ハイスループット ,  パターン認識受容体 ,  KEGG ,  非翻訳長鎖RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ウニ ,  完全長トランスクリプトーム ,  SMRT ,  免疫関連遺伝子

分類 (2件)： 免疫反応一般  (ED03010T) ,  感染免疫  (ED03030P)

タイトルに関連する用語 (4件)： 単分子 ,  リアルタイム ,  シークエンシング ,  トランスクリプトーム