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J-GLOBAL ID：202202253975284944   整理番号：22A0570417

パキスタンからのSARS-CoV-2分離株の比較変異解析および計算モデリングおよびシミュレーションアプローチを用いた構造的機能的意義【JST・京大機械翻訳】

Comparative mutational analysis of SARS-CoV-2 isolates from Pakistan and structural-functional implications using computational modelling and simulation approaches

著者 (16件)： Shah Abdullah (Department of Biotechnology, Shaheed Benazir Bhutto University Sheringal, Dir (U), Pakistan) ,  Rehmat Saira (Sharif Medical and Dental College, Lahore, Pakistan) ,  Aslam Iqra (Nawaz Shareef Medical College, Gujrat, Pakistan) ,  Suleman Muhmmad (Centre for Biotechnology and Microbiology, University of Swat, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan) ,  Batool Farah (Institute of Pharmacy and Allied Health Sciences, Lahore College for Women University, Jail Road, Lahore, Pakistan) ,  Aziz Abdul (Molecular Biology Research Center, School of Life Sciences, Central South University, Changsha, China) ,  Rashid Farooq (Dermatology Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, China) ,  Rashid Farooq (Guangdong Provincial Key Laboratory of Tropical Disease Research, School of Public Health, Southern Medical University, Guangzhou, China) ,  Midrarullah (Department of Biotechnology, Shaheed Benazir Bhutto University Sheringal, Dir (U), Pakistan) ,  Nawaz Muhmmad Asif (Department of Biotechnology, Shaheed Benazir Bhutto University Sheringal, Dir (U), Pakistan) ,  Ali Syed Shujait (Centre for Biotechnology and Microbiology, University of Swat, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan) ,  Junaid Muhammad (Department of Bioinformatics and Biological Statistics, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, 200240, PR China) ,  Khan Abbas (Department of Bioinformatics and Biological Statistics, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, 200240, PR China) ,  Wei Dong-Qing (Department of Bioinformatics and Biological Statistics, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, 200240, PR China) ,  Wei Dong-Qing (State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Shanghai-Islamabad-Belgrade Joint Innovation Center on Antibacterial Resistances, Joint Laboratory of International Laboratory of Metabolic and Developmental Sciences, Ministry of Education and School of Life Sciences and Biotechnology, Shangh...) ,  Wei Dong-Qing (Peng Cheng Laboratory, Vanke Cloud City Phase I Building 8, Xili Street, Nashan District, Shenzhen, Guangdong, 518055, PR China)
資料名： Computers in Biology and Medicine  (Computers in Biology and Medicine)
巻： 141  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0858A  ISSN： 0010-4825  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAウイルスであるSARS-CoV-2は,武漢,中国,およびその広がりを通して最初の出現以来,高い突然変異の傾向がある。そのゲノムはパキスタンを含む多くの国で連続的に配列決定されているが,結果は異なる。そのゲノムパターンを理解し,それらを表現型特徴と結びつけることは,治療戦略を考案するのに役立つであろう。したがって,本研究では,SARS-CoV-2ゲノムの250のパキスタン分離株の突然変異景観を調べ,ゲノム多様性をチェックし,参照配列(Wuhan NC 045512.2)と比較して,蛋白質安定性およびウイルス病原性に及ぼすこれらの変異の影響を調べた。結果は,構造蛋白質が主にパキスタン分離株において他より多くの変異を示すことを明らかにした。特に,ヌクレオカプシド蛋白質は高度に変異している。比較すると,スパイク蛋白質は世界的に最も変異した蛋白質である。さらに,nsp12はパキスタン分離株および世界中で最も変異したNSPであることを見出した。アクセサリー蛋白質に関しては,ORF3Aはパキスタン分離株で最も変異しているが,ORF8は世界分離株で高度に変異している。これらの変異は蛋白質の構造安定性を低下させ,異なる生物学的経路を変える。分子ドッキング,解離定数(K_D)およびMM/GBSA分析は,S蛋白質の変異がACE2との結合を変えることを示した。スパイク蛋白質変異D614G-S943T-V622F(-75.17kcal/mol),D614G-Q677H(-75.78kcal/mol),およびN74K-D614G(-73.84kcal/mol)は野生型(-66.34kcal/mol)より強い結合エネルギーを示し,感染性を増加させた。さらに,シミュレーション結果は予測蛋白質サーバを強く裏付けた。分析結果はまた,E,M,ORF6,ORF7A,ORF7BおよびORF10が最も安定なコード遺伝子であることを示した。それらはワクチンと薬剤開発に適した標的である。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *シミュレーション ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  突然変異 ,  表現型 ,  リン酸化 ,  ワクチン ,  ゲノム ,  野生型 ,  セリン/トレオニンキナーゼ ,  解離定数
準シソーラス用語： 創薬 ,  アンギオテンシン変換酵素2 ,  分子ドッキング ,  *分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： SARS-CoV-2 ,  COVID-19 ,  ACE2 ,  突然変異 ,  リン酸化セリン/トレオニンキナーゼ

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (6件)： パキスタン ,  SARS-CoV-2 ,  分離株 ,  変異解析 ,  計算モデリング ,  シミュレーション