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J-GLOBAL ID：202202254115157350   整理番号：22A1025027

腹部大動脈瘤に関与する免疫関連選択的スプライシングとスプライシング調節因子のゲノムワイド同定【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Identification of Immune-Related Alternative Splicing and Splicing Regulators Involved in Abdominal Aortic Aneurysm

著者 (6件)： Wu Shiyong (1Department of Vascular Surgery, The First Affiliated Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Liu Shibiao (1Department of Vascular Surgery, The First Affiliated Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Chen Ningheng (1Department of Vascular Surgery, The First Affiliated Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Zhang Chuang (1Department of Vascular Surgery, The First Affiliated Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Zhang Hairong (2Department of Colorectal and Anal Surgery, The First Affiliated Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Guo Xueli (1Department of Vascular Surgery, The First Affiliated Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 816035  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： AAA形成の分子機構はまだ十分に理解されておらず,完全には解明されていない。本研究では,バイオインフォマティクス法を用いてAAAにおける免疫関連遺伝子,免疫RASを同定した。GSE175683データセットをGEOデータベースからダウンロードした。DEseq2ソフトウェアを用いて,差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。SUVAパイプラインを用いてAS事象とRAS事象を定量化した。KOBAS2.0サーバを用いて,DEGの機能的カテゴリーを選別するためにGO用語とKEGG経路を同定した。CIBERSORTアルゴリズムを,免疫細胞画分を推定するためにデフォルトパラメータを用いて使用した。GSE175683からの9つのサンプルを用いて,SFの発現とRAS事象のスプライシング比率の間の共撹乱ネットワークを構築した。PCA解析は,Rパッケージ事実によって行い,サンプルのクラスタ化を示し,そして,Rにおける熱マップパッケージを用いて,ユークリッド距離に基づくクラスタ化を実行した。結果は,WTとWTA群の間で,177の免疫関連遺伝子が上方制御され,48の免疫関連遺伝子が下方制御された3,541の遺伝子が有意に差次的に発現したことを示した。免疫-RAS事象は主にalt5PおよびIRイベントであり,その約60%はAAAにおける複雑なスプライシングイベントであった。WT群とWTA群は,免疫RAS事象のスプライシング比を用いることにより,最初の主成分で明確に識別できる。2つの下方制御遺伝子,Nr4a1とNr4a2,および8つの上方制御された遺伝子,Adipor2,Akt2,Bcl3,Dhx58,Pparg,Ptgds,Sytl1,およびVegfaをRASとDEGを有する免疫関連遺伝子の間で同定した。18の差次的発現SFsを同定し,ヒートマップにより表示した。異なる細胞の割合と種々の細胞の平均比率の比率は,全く異なった。マクロファージと形質細胞のM1とM2型の両方がアップレギュレートされ,一方,M0型はAAAで下方制御された。WTA群における形質細胞の比率は,急激に増加した。SF発現と免疫細胞/免疫RASの間に相関がある。有意に異なる発現を有するスプライシング因子であるSf3b1を,免疫関連遺伝子の腫瘤に結合するために選択した。結論として,著者らの結果は,ゲノムワイド同定による免疫関連遺伝子,免疫RASおよびSFがAAAに関与することを示した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  情報科学 ,  データベース ,  ネットワーク ,  生物学 ,  遺伝子 ,  細胞 ,  *免疫 ,  クラスタ化 ,  ソフトウェア ,  マクロファージ ,  ダウンレギュレーション ,  アップレギュレーション
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  差次的遺伝子発現 ,  Rパッケージ ,  ヒートマップ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 腹部大動脈瘤 ,  選択的スプライシング ,  RNA-Seq ,  免疫関連遺伝子 ,  スプライシング因子 ,  ゲノムワイド同定

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

引用文献 (43件)：

• AnnambhotlaS., BourgeoisS., WangX., LinP. H., YaoQ., ChenC. (2008). Recent Advances in Molecular Mechanisms of Abdominal Aortic Aneurysm Formation. World J. Surg. 32 (6), 976-986. doi: 10.1007/s00268-007-9456-x
• BlakeD., LynchK. (2021). The Three as: Alternative Splicing, Alternative Polyadenylation and Their Impact on Apoptosis in Immune Function. Immunol. Rev. 304 (1), 30-50. doi: 10.1111/imr.13018
• BlassovaT., TonarZ., TomasekP., HosekP., HollanI., TreskaV., et al (2019). Inflammatory Cell Infiltrates, Hypoxia, Vascularization, Pentraxin 3 and Osteoprotegerin in Abdominal Aortic Aneurysms - A Quantitative Histological Study. PLoS One 14 (11), e0224818. doi: 10.1371/journal.pone.0224818
• BonnalS. C., López-OrejaI., ValcárcelJ. (2020). Roles and Mechanisms of Alternative Splicing in Cancer - Implications for Care. Nat. Rev. Clin. Oncol. 17 (8), 457-474. doi: 10.1038/s41571-020-0350-x
• BrangschJ., ReimannC., CollettiniF., BuchertR., BotnarR. M., MakowskiM. R. (2017). Molecular Imaging of Abdominal Aortic Aneurysms. Trends Mol Medicine 23 (2), 150-164. doi: 10.1016/j.molmed.2016.12.002

タイトルに関連する用語 (7件)： 腹部大動脈瘤 ,  免疫 ,  選択的スプライシング ,  スプライシング ,  調節因子 ,  ゲノム ,  同定