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J-GLOBAL ID：202202254798431824   整理番号：22A1025012

シークエンシングは雲南省のセミフィンウールヒツジ(Ovis aries)における繁殖形質の個体群構造と選択シグネチャを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Sequencing Reveals Population Structure and Selection Signatures for Reproductive Traits in Yunnan Semi-Fine Wool Sheep (Ovis aries)

著者 (7件)： Guo Yi (1Key Laboratory of Animal Genetics and Breeding of the Ministry of Agriculture and Rural Affairs, National Engineering Laboratory for Animal Breeding, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Liang Jiachong (2Yunnan Provincial Genebank of Livestock and Poultry Genetic Resources, Yunnan Provincial Engineering Laboratory of Animal Genetic Resource Conservation and Germplasm Enhancement, Yunnan Animal Science and Veterinary Institute, Kunming, China) ,  Lv Chunrong (2Yunnan Provincial Genebank of Livestock and Poultry Genetic Resources, Yunnan Provincial Engineering Laboratory of Animal Genetic Resource Conservation and Germplasm Enhancement, Yunnan Animal Science and Veterinary Institute, Kunming, China) ,  Wang Yi (1Key Laboratory of Animal Genetics and Breeding of the Ministry of Agriculture and Rural Affairs, National Engineering Laboratory for Animal Breeding, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Wu Guoquan (2Yunnan Provincial Genebank of Livestock and Poultry Genetic Resources, Yunnan Provincial Engineering Laboratory of Animal Genetic Resource Conservation and Germplasm Enhancement, Yunnan Animal Science and Veterinary Institute, Kunming, China) ,  Ding Xiangdong (1Key Laboratory of Animal Genetics and Breeding of the Ministry of Agriculture and Rural Affairs, National Engineering Laboratory for Animal Breeding, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Quan Guobo (2Yunnan Provincial Genebank of Livestock and Poultry Genetic Resources, Yunnan Provincial Engineering Laboratory of Animal Genetic Resource Conservation and Germplasm Enhancement, Yunnan Animal Science and Veterinary Institute, Kunming, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 812753  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 雲南省のセミファインウールヒツジは,中国で最も重要な栽培ヒツジ品種である。しかし,それらの個体群構造,遺伝的特徴および興味の形質は,あまり研究されていない。本研究では,全ゲノム再配列決定データから得られたSNPを用いて,40の雲南省セミファインウールヒツジの個体群特性と選択シグネチャを系統的に研究した。クリーンデータの合計1393Gbを得た。参照ゲノムに対するマッピング率は,平均(86.01%~92.26%)で91.23%であり,平均配列深さは9.51Xであった。フィルタリングの後,28,593,198のSNPと4,725,259のインデルが高品質であった。ヒツジの異型接合率,同系交配係数および有効個体群サイズを,それらの遺伝的特性を予備的に調査するために計算した。平均ヘテロ接合率は0.264であり,平均同系交配係数は0.0099であり,ヘテロ接合体過剰率(HE)から推定した有効個体群サイズは242.9であった。TajimaのDと統合ハプロタイプスコア(iHS)アプローチに基づいて,562の窓と11,356のコアSNPsは,雲南省のセミファインウールヒツジ個体群における選択シグネチャを示した。ゲノムアノテーションと遺伝子濃縮分析の後,著者らは,感覚器官,行動活動と神経系における初期家畜化の痕跡と,この個体群における選択下の生殖と羊毛形質における適応変化を見出した。FSHR,BMPR1BおよびOXTを含むリターサイズに関連するいくつかの選択した遺伝子を,選択下として同定した。参照ゲノムとは異なるFSHR遺伝子の特異的ミスセンス変異も集団で同定し,リターサイズに影響する可能性のあるSNP変異を見出した。著者らの知見は,Yunnan(雲南)セミファインウールヒツジの保存と利用の理論的基礎を提供する。さらに,著者らの結果は,家畜化後のヒツジに共通するいくつかの変化を明らかにし,人工選抜下で進化する個体群内の繁殖力に影響する遺伝的変異を研究する新しい機会を提供した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ヘテロ接合 ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  生殖 ,  *ヒツジ ,  *羊毛 ,  ゲノム ,  品種 ,  落葉落枝 ,  同系交配 ,  *個体群 ,  一塩基多型
準シソーラス用語： ヘテロ接合性 ,  遺伝的変異 ,  家畜化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 雲南省のセミファインウールヒツジ ,  配列決定 ,  選択署名 ,  集団構造 ,  生殖

分類 (1件)： 羊,山羊  (FD02050F)

引用文献 (57件)：

• AbiedA., BagadiA., BordbarF., PuY., AugustinoS. M. A., XueX. (2020). Genomic Diversity, Population Structure, and Signature of Selection in Five Chinese Native Sheep Breeds Adapted to Extreme Environments. Genes 11 (5), 494. doi: 10.3390/genes11050494
• AlexanderD. H., LangeK. (2011). Enhancements to the ADMIXTURE Algorithm for Individual Ancestry Estimation. BMC Bioinformatics 12, 246. doi: 10.1186/1471-2105-12-246
• AxelssonE., RatnakumarA., ArendtM.-L., MaqboolK., WebsterM. T., PerloskiM., et al (2013). The Genomic Signature of Dog Domestication Reveals Adaptation to a Starch-Rich Diet. Nature 495 (7441), 360-364. doi: 10.1038/nature11837
• BolgerA. M., LohseM., UsadelB. (2014). Trimmomatic: a Flexible Trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatics 30 (15), 2114-2120. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170
• BusslingerM., MoschonasN., FlavellR. A. (1981). Beta + Thalassemia: Aberrant Splicing Results from a Single point Mutation in an Intron. Cell 27 (2 Pt 1), 289-298. doi: 10.1016/0092-8674(81)90412-8

タイトルに関連する用語 (5件)： シークエンシング ,  雲南省 ,  繁殖形質 ,  個体群構造 ,  シグネチャ