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J-GLOBAL ID：202202255485762415   整理番号：22A0440982

RNA-小分子結合モードを予測するためのRLDOCK法【JST・京大機械翻訳】

RLDOCK method for predicting RNA-small molecule binding modes

著者 (2件)： Jiang Yangwei (Department of Physics, MU Institute for Data Science and Informatics, Department of Biochemistry, University of Missouri, Columbia, MO 65211, USA) ,  Chen Shi-Jie (Department of Physics, MU Institute for Data Science and Informatics, Department of Biochemistry, University of Missouri, Columbia, MO 65211, USA)
資料名： Methods  (Methods)
巻： 197  ページ： 97-105  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0241A  ISSN： 1046-2023  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA分子は遺伝子発現と調節のレベルで細胞機能において重要な役割を果たす。複雑な3D構造とRNAの機能的役割は,RNA分子を治療薬の理想的な標的にする。RNA標的薬物の合理的設計はRNA-リガンド相互作用の正確なモデリングを必要とする。最近,リガンド結合部位と結合姿勢を予測するために,新しい計算ツール,RLDOCKを開発した。反復マルチスケールサンプリングと探索アルゴリズムおよびリガンド姿勢のエネルギーベース評価を用いて,この方法はRNA-リガンド相互作用のための効率的で正確な予測を可能にする。ここでは,RLDOCK法の実用化のための計算手順の詳細な説明を示した。例としてF.nucleatum FMNリボスイッチへのフラビンモノヌクレオチド(FMN)ドッキングを用いて,RNA-リガンド相互作用のRLDOCKに基づく予測のための計算プロトコルを説明した。RLDOCKソフトウェアはhttp://https://github.com/Vfold-RNA/RLDOCKで自由にアクセスできる。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  ドッキング ,  *RNA【核酸】 ,  ソフトウェア ,  三次元 ,  *小分子 ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： リガンド結合ドメイン ,  探索アルゴリズム ,  リボスイッチ ,  細胞機能 ,  結合モード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： RNA-リガンド相互作用 ,  フレキシブルドッキング ,  スコアリング機能 ,  RNA標的リガンド

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (4件)： RNA ,  小分子 ,  結合モード ,  予測