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J-GLOBAL ID：202202256603328623   整理番号：22A0629371

OtoFAST:生物学的オントロジーによる文字の対話型および半自動アノテーションのためのRパッケージ【JST・京大機械翻訳】

ontoFAST: An R package for interactive and semi-automatic annotation of characters with biological ontologies

著者 (4件)： Tarasov Sergei (Finnish Museum of Natural History, Helsinki, Finland) ,  Tarasov Sergei (National Institute for Mathematical and Biological Synthesis, University of Tennessee, Knoxville, TN, USA) ,  Miko Istvan (University of New Hampshire, Durham, NH, USA) ,  Yoder Matthew Jon (Illinois Natural History Survey, Champaign, IL, USA)
資料名： Methods in Ecology and Evolution  (Methods in Ecology and Evolution)
巻： 13  号： 2  ページ： 324-329  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2682A  ISSN： 2041-210X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： オントロジーは表現型データを解析する基本的技術になりつつある。一般的に使用されるEntity-Quality(EQ)は,オントロジーを用いて表現型と文字を注釈付けるための豊富な意味論を提供する。しかし,EQ構文は,この粒度が下流解析に不必要であれば,時間効率が悪いかもしれない。生物学的オントロジーによる文字の高速アノテーションを援助するRパッケージFASTは,OBOフォーマットにおける生物医学オントロジーと入力としての文字のリストを取り上げ,出力として文字からオントロジー項までのマッピングのリストを生成する。FASTにより生成されたアノテーションは,下流解析のためにCSVフォーマットで輸出できる。さらに,FASTは,(a)オントロジーと(b)複雑なオントロジーの階層化のためのオントロジーと(b)ヘルパー機能に対する特徴の簡単なクエリを構築するための機能を提供し,FASTへのそれらの関係は,オントロジーと系統発生法の統合を強化し,Rアプリケーション間のデータインタオペラビリティをサポートした。オントロジーツールはR生態系で過小表示され,FASTが更なる開発を刺激することを期待する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 意味論 ,  解析 ,  表現型 ,  系統発生 ,  応用プログラム ,  生態系 ,  階層構造 ,  インタオペラビリティ ,  *アノテーション ,  *オントロジー
準シソーラス用語： 対話型 ,  クエリー ,  構文 ,  生物医学オントロジー ,  *Rパッケージ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： アノテーション ,  特性行列 ,  特性 ,  オントロジー ,  フェノミクス ,  表現型 ,  系統発生学

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 生物学的オントロジー ,  文字 ,  対話型 ,  アノテーション ,  Rパッケージ