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J-GLOBAL ID：202202256847883821   整理番号：22A0025364

立体配座動力学による効果を含むNMRシフトを計算するためのAd-MD法 DNAにおける31P NMRシフト【JST・京大機械翻訳】

The Ad-MD method to calculate NMR shift including effects due to conformational dynamics: The ³¹P NMR shift in DNA

著者 (9件)： Fukal Jiri (Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Czech Academy of Sciences, Prague, Czech Republic) ,  Fukal Jiri (Faculty of Mathematics and Physics, Charles University, Prague, Czech Republic) ,  Budesinsky Milos (Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Czech Academy of Sciences, Prague, Czech Republic) ,  Pav Ondrej (Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Czech Academy of Sciences, Prague, Czech Republic) ,  Jurecka Petr (Department of Physical Chemistry, Faculty of Science, Palacky University Olomouc, Olomouc, Czech Republic) ,  Zgarbova Marie (Department of Physical Chemistry, Faculty of Science, Palacky University Olomouc, Olomouc, Czech Republic) ,  Sebera Jakub (Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Czech Academy of Sciences, Prague, Czech Republic) ,  Sychrovsky Vladimir (Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Czech Academy of Sciences, Prague, Czech Republic) ,  Sychrovsky Vladimir (Department of Electrotechnology, Faculty of Electrical Engineering, Czech Technical University, Prague, Czech Republic)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 43  号： 2  ページ： 132-143  発行年： 2022年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学(MD)によるNMRパラメータの平均化法を,MDスナップショットにおける統計的平均化の方法から導き,DNAリン酸塩中の31P NMRシフト(δ_31P)の構造動的解釈に適用した。この方法は,幾何学的パラメータ(s)(Ad-MD法)に対するMD計算確率分布(s)によって重み付けされる選択された幾何学的パラメータ(s)に対するNMRパラメータの断熱依存性を用いる。NMRパラメータの1つの事前計算構造依存性を,動的挙動のみの異なる全ての化学的等価単位に用いるとき,高分子に対するAd-MDの利用は計算上便利である。Ad-MD法を,特徴的に異なる構造と動的挙動を特徴とするモデルリン酸塩中のδ_31Pの統計的平均化法に対してベンチマークした。Ad-MDの適用性を,Dickerson-Drew DNAドデカマーにおける31P NMRスペクトルを計算することにより説明し,B3LYP/IGLO-III/PCM(水)を用いて,DNAリン酸塩中のリン原子に隣接するねじれ角に対する確率分布を,OL15力場を用いて計算した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *NMR【磁気共鳴】 ,  *立体配座 ,  確率分布 ,  リン酸塩 ,  *DNA【核酸】 ,  高分子 ,  スペクトル ,  力の場 ,  分子動力学 ,  ベンチマーク
準シソーラス用語： ねじれ角 ,  スナップショット ,  構造依存性 ,  動的挙動 ,  幾何学的パラメータ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 31P NMRシフト ,  DNAリン酸塩 ,  MD平均化

分類 (4件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  有機化合物のNMR  (BM07044Q) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： 立体配座 ,  動力学 ,  NMR ,  シフト ,  計算 ,  AD ,  MD法 ,  DNA