SARS-CoV-2ARTICネットワークV4プライマーと全ゲノム配列決定プロトコルの最適化【JST・京大機械翻訳】

Lambisia Arnold W.; Mohammed Khadija S.; Makori Timothy O.; Ndwiga Leonard; Mburu Maureen W.; Morobe John M.; Moraa Edidah O.; Musyoki Jennifer; Murunga Nickson; Mwangi Jane N.; Nokes D. James; Nokes D. James; Agoti Charles N.; Agoti Charles N.; Ochola-Oyier Lynette Isabella; Ochola-Oyier Lynette Isabella; Githinji George; Githinji George

文献

J-GLOBAL ID：202202256967311999 整理番号：22A1029432

SARS-CoV-2ARTICネットワークV4プライマーと全ゲノム配列決定プロトコルの最適化【JST・京大機械翻訳】

Optimization of the SARS-CoV-2 ARTIC Network V4 Primers and Whole Genome Sequencing Protocol

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資料名：
巻： 9 ページ： 836728 発行年： 2022年
JST資料番号： U7079A ISSN： 2296-858X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

導入:ARTICネットワークプライマーセットとアンプリコンベースプロトコルは,最も広く用いられているSARS-CoV-2配列プロトコルの1つである。V3プライマーセットへの更新は,懸念のDelta変異体の間で観察されたアンプリコンドロップオフに対処するために186年6月2021日に放出された。ここでは,元のV4プール戦略がアンプリコンドロップオフにより特性化される場合におけるSARS-CoV-2ゲノム回復を改善するARTICネットワークV4プロトコルの修正版のインハウス最適化について報告する。方法:著者らは,ARTIC V3,V4および最適化されたV4プライマーによって増幅され,Oxfordナノポア技術からGridIONを用いて配列決定された,43の臨床サンプルおよび連続希釈陽性対照のマッチしたセットを利用した。結果:V3プライマーと比較して元のV4プール戦略を用いた場合,試料の67%でゲノム回復の0.5%から46%の増加が観察された。プライマー位置23と90におけるアンプリコンドロップオフは,すべての変異体と陽性対照で観察された。最適化プロトコルを用いるとき,著者らは,すべてのサンプルにわたってゲノム回復の60%の改善と,アンプリコン23と90の平均深さの増加を観察した。その結果,ゲノムの≧95%が試料の72%(n=31)で回収された。しかし,ゲノムの60~70%だけが,ARTIC V3プライマーで<28%のゲノム被覆を持つ試料で回収できた。Ct値とゲノム回復の間に統計的に有意な相関はなかった(p>0.05)。結論:ARTIC V4プライマーを利用して,ドロップオフまたは低平均読取深度を有するアンプリコンに対するプライマー濃度を増加させると,アルファ,ベータ,デルタ,Etaおよび非VOC/非VOI SARS-CoV-2変異体のゲノム回復を大きく改善した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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微生物検査法

引用文献 (31件)：

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Agoti CN, Oyier O, Isabella L, Lambisia AW, James Nokes D, Bejon P, et al. Genomic surveillance reveals the spread patterns of SARS-CoV-2 in coastal Kenya during 2 the first two waves. (2021) 2. doi: 10.1101/2021.07.01.21259583

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