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J-GLOBAL ID：202202257131014551   整理番号：22A0440976

原子間力顕微鏡と計算機シミュレーションによる蛋白質の機械的アンフォールディングと再折畳み経路の再構成【JST・京大機械翻訳】

Reconstruction of mechanical unfolding and refolding pathways of proteins with atomic force spectroscopy and computer simulations

著者 (3件)： Li Qing (Department of Mechanical Engineering and Materials Science, Duke University, 27708 Durham, NC, United States) ,  Apostolidou Dimitra (Department of Mechanical Engineering and Materials Science, Duke University, 27708 Durham, NC, United States) ,  Marszalek Piotr E. (Department of Mechanical Engineering and Materials Science, Duke University, 27708 Durham, NC, United States)
資料名： Methods  (Methods)
巻： 197  ページ： 39-53  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0241A  ISSN： 1046-2023  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プロテオームにおけるほとんどの蛋白質は大きく,典型的には1つ以上のドメインから成り,構造的に複雑である。これは,しばしばそれらの機械的アンフォールディング経路を研究する。タンデム反復ドメインから成る蛋白質は,伸長した時,それらの反復構造により機械的アンフォールディング力伸長プロファイルにおいて鋸歯パターンを示す多ドメイン蛋白質のサブグループである。しかし,機械的解明を受ける特異的反復に対する力ピークの帰属は,全ての反復が類似であり,それらが隣接し,隣接三次構造を形成するので,複雑である。ここでは,アンキリン反復蛋白質の機械的アンフォールディングおよびリフォールディング経路の検討に有用な,実験的および計算的単一分子力分光法の組み合わせを詳細に述べる。特に,アンキリン反復蛋白質の機械的アンフォールディング挙動を記録し,印象的な再折畳み力ピークの生成に関与するそれらの異常に強い再折畳み傾向を捕捉するため,原子間力顕微鏡に基づく単一分子力分光法(SMFS)の使用を説明し,描写した。また,実験的観察を補完し,これらの蛋白質のアンフォールディングと再折畳みの理解に洞察を提供する,粗粒子Steered 分子動力学(CG-SMD)シミュレーションについても述べた。さらに,これらの反復蛋白質の折畳みと再折畳みのベクトル特性を実証するために開発した新規コイルドコイルに基づく機械的ポリペプチドプローブの使用を提言した。CG-SMDシミュレーションによる天然およびCC-equipped蛋白質に対するAFMに基づくSMFSの組み合わせは,アンキリン反復ポリペプチドだけでなく,他の反復蛋白質およびより複雑なトポロジーを有する非反復蛋白質に対しても,より一般的である。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 位相幾何学 ,  ベクトル ,  *計算機シミュレーション ,  ポリペプチド ,  *タンパク質 ,  *デコンボリューション ,  *折畳み ,  分子動力学 ,  超螺旋 ,  *原子間力顕微鏡 ,  プロテオーム
準シソーラス用語： アンキリン反復 ,  ドメイン構造 ,  蛋白質リフォールディング ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 原子間力顕微鏡 ,  単一分子力分光法 ,  操縦分子動力学シミュレーション ,  蛋白質変性 ,  反復蛋白質 ,  コイルドコイル

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 原子間力顕微鏡 ,  計算機シミュレーション ,  蛋白質 ,  アンフォールディング ,  折畳み ,  経路 ,  再構成