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J-GLOBAL ID：202202257160450481   整理番号：22A1178537

Shaoxingアヒルにおける卵生産形質を標的とするゲノムワイド関連研究とハプロタイプ共有解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Association Studies and Haplotype-Sharing Analysis Targeting the Egg Production Traits in Shaoxing Duck

著者 (14件)： Xu Wenwu (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Wang Zhenzhen (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Qu Yuanqi (2Hubei Shendan Co., Ltd., Wuhan, China) ,  Li Qingyi (2Hubei Shendan Co., Ltd., Wuhan, China) ,  Tian Yong (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Chen Li (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Tang Jianhong (2Hubei Shendan Co., Ltd., Wuhan, China) ,  Li Chengfeng (2Hubei Shendan Co., Ltd., Wuhan, China) ,  Li Guoqin (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Shen Junda (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Tao Zhengrong (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Cao Yongqing (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Zeng Tao (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China) ,  Lu Lizhi (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 828884  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 第1卵(AFE)と卵数(EN)の年齢は,家禽産業の利点に直接影響するので,卵生産に関連する経済的に重要な形質であるが,産卵アヒルにおけるこれらの形質に影響する分子遺伝学的研究は,まだまばらである。著者らの目的は,ゲノムワイド関連研究(GWAS)とハプロタイプ共有分析を用いて,Shaoxingアヒル個体群におけるAFE,43週(EP43w)での卵生産,および66週(EP66w)での卵生産に関連するゲノム領域および候補遺伝子を同定することであった。単一ヌクレオチド多型(SNP)に基づく遺伝的パラメータ推定値は,遺伝率はAFE,EP43wおよびEP66wに対してそれぞれ0.15,0.20および0.22であることを示した。続いて,AFE,EP43wおよびEP66wに対する3つの単変量GWASを独立して実施した。4.511から4.521Mbに及ぶ0.01-Mb領域内の染色体25に位置する24のSNPはAFEと関連していた。EP43wに影響する2つのCIs,すなわち,25のSNPは染色体25上で3.186から3.247Mbにわたる強い連鎖不平衡領域にあり,染色体25上で4.442から4.446Mbにわたる領域,および産卵アヒルにおいてEP43wに影響を及ぼす可能性がある2つの興味深い遺伝子,ACAD8およびTHYN1であった。また,EP66wに影響する2つのCIs,すなわち染色体2上の127.497から129.910Mbに及ぶ2.412-Mb領域,および染色体29上の4.481から4.837Mbに及ぶ0.355-Mb領域,およびCA2とGAMTが推定候補遺伝子であるかもしれない。本研究はまた,ハプロタイプ共有分析に基づくこれらの3つの形質と有意に関連するいくつかのハプロタイプを見出した。全体として,本研究は産卵アヒルにおける卵生産に関するGWASの最初の報告であり,著者らの知見は,産卵アヒルにおける育種に基づく卵生産性能を改善するために,いくつかの候補遺伝子およびハプロタイプを提供するのに役立つであろう。さらに,ブートストラップテストと呼ばれる方法から学習し,ユーザがアクセスできる小さな実験サンプルによるGWASの信頼性を検証した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ブートストラップ ,  遺伝子 ,  *ゲノム ,  *アヒル ,  産卵 ,  遺伝的連鎖 ,  個体群 ,  推定量 ,  遺伝率 ,  *ハプロタイプ ,  一塩基多型 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： 連鎖不平衡 ,  候補遺伝子 ,  遺伝的パラメータ ,  *生産形質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ゲノムワイド関連研究 ,  ハプロタイプ ,  産卵アヒル ,  卵生産 ,  遺伝子

分類 (2件)： 家禽一般  (FD03010U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (40件)：

• AtzmonG., BlumS., FeldmanM., CahanerA., LaviU., HillelJ. (2008). QTLs Detected in a Multigenerational Resource Chicken Population. J. Hered. 99 (5), 528-538. doi: 10.1093/jhered/esn030
• BergC., BlomqvistA., HolmL., BrandtI., BrunströmB., RidderstråleY. (2004). Embryonic Exposure to Oestrogen Causes Eggshell Thinning and Altered Shell Gland Carbonic Anhydrase Expression in the Domestic Hen. Reproduction 128 (4), 455-461. doi: 10.1530/rep.1.00211
• ChangM.-T., ChengY.-S., HuangM.-C. (2013). Novel Genetic Markers of the Carbonic Anhydrase II Gene Associated with Egg Production and Reproduction Traits in Tsaiya Ducks. Reprod. Domest. Anim. 48 (1), 98-104. doi: 10.1111/j.1439-0531.2012.02038.x
• ChenH., TanJ. (1996). Estimation on Major Economic Character Hereditary Parameter of Putian Black Duck (Egg Duck). J. Fujian Acad. Agric. Sci. 9 (4), 35-38. doi: 10.2174/1872208313666190404101336
• CingolaniP., PlattsA., WangL. L., CoonM., NguyenT., WangL., et al (2012). A Program for Annotating and Predicting the Effects of Single Nucleotide Polymorphisms, SnpEff. Fly 6 (2), 80-92. doi: 10.4161/fly.19695

タイトルに関連する用語 (9件)： アヒル ,  卵 ,  生産形質 ,  標的 ,  ゲノム ,  研究 ,  ハプロタイプ ,  共有 ,  解析