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J-GLOBAL ID：202202257182459404   整理番号：22A0775009

ヒト胎盤DNAメチル化研究における参照ベース細胞型推定のための新規アプローチの信頼性【JST・京大機械翻訳】

Reliability of a novel approach for reference-based cell type estimation in human placental DNA methylation studies

著者 (37件)： Dieckmann Linda (Department of Translational Psychiatry, Max Planck Institute of Psychiatry, Munich, Germany) ,  Dieckmann Linda (International Max Planck Research School for Translational Psychiatry, Munich, Germany) ,  Cruceanu Cristiana (Department of Translational Psychiatry, Max Planck Institute of Psychiatry, Munich, Germany) ,  Lahti-Pulkkinen Marius (Department of Psychology and Logopedics, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Lahti-Pulkkinen Marius (Finnish Institute for Health and Welfare, Helsinki, Finland) ,  Lahti-Pulkkinen Marius (Centre for Cardiovascular Science, Queen’s Medical Research Institute, University of Edinburgh, Edinburgh, UK) ,  Lahti Jari (Department of Psychology and Logopedics, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Kvist Tuomas (Department of Psychology and Logopedics, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Laivuori Hannele (Institute for Molecular Medicine Finland, HiLIFE, University of Helsinki, Human Genetics, Helsinki, Finland) ,  Laivuori Hannele (Medical and Clinical Genetics, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Helsinki, Finland) ,  Laivuori Hannele (Department of Obstetrics and Gynecology, Faculty of Medicine and Health Technology, Center for Child, Adolescent and Maternal Health, Tampere University Hospital and University of Tampere, Tampere, Finland) ,  Sammallahti Sara (Department of Psychology and Logopedics, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Sammallahti Sara (Finnish Institute for Health and Welfare, Helsinki, Finland) ,  Sammallahti Sara (Children’s Hospital, Helsinki University Hospital and University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Sammallahti Sara (Department of Child and Adolescent Psychiatry, Erasmus MC, Sophia Children’s Hospital, Rotterdam, The Netherlands) ,  Villa Pia M. (Department of Obstetrics and Gynecology, Faculty of Medicine and Health Technology, Center for Child, Adolescent and Maternal Health, Tampere University Hospital and University of Tampere, Tampere, Finland) ,  Villa Pia M. (Department of Obstetrics and Gynecology, Helsinki University Central Hospital, Helsinki, Finland) ,  Villa Pia M. (Hyvinkaeae Hospital, Helsinki and Uusimaa Hospital District, Hyvinkaeae, Finland) ,  Suomalainen-Konig Sanna (Department of Obstetrics and Gynecology, Helsinki University Central Hospital, Helsinki, Finland) ,  Rancourt Rebecca C. (Department of Experimental Obstetrics, Charite-Universitaetsmedizin Berlin, Corporate Member of Freie Universitaet Berlin, Humboldt-Universitaet Zu Berlin, and Berlin Institute of Health (BIH), Berlin, Germany) ,  Plagemann Andreas (Department of Experimental Obstetrics, Charite-Universitaetsmedizin Berlin, Corporate Member of Freie Universitaet Berlin, Humboldt-Universitaet Zu Berlin, and Berlin Institute of Health (BIH), Berlin, Germany) ,  Henrich Wolfgang (Department of Obstetrics, Charite-Universitaetsmedizin Berlin, Corporate Member of Freie Universitaet Berlin, Humboldt-Universitaet Zu Berlin, and Berlin Institute of Health (BIH), Berlin, Germany) ,  Eriksson Johan G. (Department of General Practice, University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Eriksson Johan G. (Folkhaelsan Research Center, Helsinki, Finland) ,  Eriksson Johan G. (Department of Obstetrics and Gynaecology and Human Potential Translational Research Programme, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, Singapore, Singapore) ,  Eriksson Johan G. (Singapore Institute for Clinical Sciences, Agency for Science, Technology and Research (A*STAR), Singapore, Singapore) ,  Kajantie Eero (Finnish Institute for Health and Welfare, Helsinki, Finland) ,  Kajantie Eero (Children’s Hospital, Helsinki University Hospital and University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Kajantie Eero (Faculty of Medicine, PEDEGO Research Unit, MRC Oulu, Oulu University Hospital and University of Oulu, Oulu, Finland) ,  Kajantie Eero (Department of Clinical and Molecular Medicine, Norwegian University of Science and Technology, Trondheim, Norway) ,  Entringer Sonja (Institute of Medical Psychology, Charite-Universitaetsmedizin Berlin, Corporate Member of Freie Universitaet Berlin, Humboldt-Universitaet Zu Berlin, and Berlin Institute of Health (BIH), Berlin, Germany) ,  Entringer Sonja (Department of Pediatrics, Development, Health, and Disease Research Program, University of California, Irvine, CA, USA) ,  Braun Thorsten (Department of Obstetrics, Charite-Universitaetsmedizin Berlin, Corporate Member of Freie Universitaet Berlin, Humboldt-Universitaet Zu Berlin, and Berlin Institute of Health (BIH), Berlin, Germany) ,  Raeikkonen Katri (Department of Psychology and Logopedics, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki, Finland) ,  Binder Elisabeth B. (Department of Translational Psychiatry, Max Planck Institute of Psychiatry, Munich, Germany) ,  Binder Elisabeth B. (Department of Psychiatry and Behavioral Sciences, Emory University School of Medicine, Atlanta, GA, USA) ,  Czamara Darina (Department of Translational Psychiatry, Max Planck Institute of Psychiatry, Munich, Germany)
資料名： Cellular and Molecular Life Sciences  (Cellular and Molecular Life Sciences)
巻： 79  号： 2  ページ： 115  発行年： 2022年 
JST資料番号： B0496A  ISSN： 1420-682X  CODEN： CMLSFI  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 胎盤は初期発生中の中心器官であり,健康と疾患の軌跡に影響する。ヒト胎盤のDNAメチル化(DNAm)研究は,その機能がどのように疾患リスクと関係するかの理解を改善する。しかし,DNAm研究は細胞型不均一性によって偏ることができ,従って,交絡を減らし,精度を上げるために,これを制御することが重要である。計算セル型デコンボリューション法は,この目的に非常に有用であることが証明されている。しかし,ヒト胎盤では,これらの推定法の性能の評価はまだ不足している。ここでは,新たに利用可能な参照ベースの細胞タイプ推定アプローチの性能を調べ,それを1000以上の試料から成る3つの独立した研究を用いて,妊娠初期に採取した胎盤ゲノムワイドDNAmサンプルにおいて,しばしば使用される参照フリー細胞タイプ推定アプローチ,すなわち,RefFreeEWASと比較した。DNAmに対する予測値を持つ参照フリーおよび参照ベース推定細胞タイプ比率の両方を見出したが,参照ベース細胞型推定はデータセットの大部分に対して参照フリー推定を凌駕した。参照ベースの細胞型推定は,妊娠による細胞型比率の変化に関する以前の組織学的知識を鏡視する。さらに,DNAmの変異が参照ベースの推定細胞型比率によって主に説明されたCpGsは,胎盤に対して高度に組織特異的である遺伝子の近接性であった。これは参照のない推定細胞タイプ比率の場合ではなかった。著者らは,研究者が既存の研究の結果を解釈し,ヒト胎盤の将来のDNAm研究を改善するのを助けるための資源として,これらのCpGのリストを提供する。Copyright The Author(s) 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *信頼性 ,  *メチル化 ,  遺伝子 ,  *細胞 ,  *胎盤 ,  ヒト ,  デコンボリューション ,  絨毛 ,  不均一性 ,  妊娠初期
準シソーラス用語： *DNAメチル化 ,  初期胚発生 ,  CpG ,  近接性 ,  予測値 ,  *細胞型 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 細胞型推定 ,  DNAメチル化 ,  ヒト胎盤 ,  絨毛性絨毛 ,  参照ベースデコンボリューション ,  参照フリーデコンボリューション

分類 (1件)： 婦人科・産科の基礎医学  (GS01020L)

タイトルに関連する用語 (7件)： ヒト ,  胎盤 ,  DNAメチル化 ,  研究 ,  参照 ,  細胞型 ,  推定