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J-GLOBAL ID：202202257341220618   整理番号：22A1054996

ヒト細胞発生時のDNA脱メチル化に関連する転写因子の予測【JST・京大機械翻訳】

Prediction of transcription factors associated with DNA demethylation during human cellular development

著者 (13件)： Miyajima Yurina (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Noguchi Shuhei (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Tanaka Yuki (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Tanaka Yuki (Graduate School of Medical Life Science, Yokohama City University, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Li Jing-Ru (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Nishimura Hajime (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Kishima Mami (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Lim Joanne (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Furuhata Erina (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Suzuki Takahiro (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Suzuki Takahiro (Graduate School of Medical Life Science, Yokohama City University, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Kasukawa Takeya (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Suzuki Harukazu (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan)
資料名： Chromosome Research  (Chromosome Research)
巻： 30  号： 1  ページ： 109-121  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4158A  ISSN： 0967-3849  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： CpGジヌクレオチドのDNAメチル化は,哺乳類遺伝子発現の調節に関与する重要な後成的修飾であり,その分化時に特異的メチル化プロファイルを発達させる各タイプの細胞を伴う。最近,転写因子(TF)の小さなサブグループが結合部位でのDNA脱メチル化を促進する可能性があることが示されている。結合部位でのDNA脱メチル化を促進するゲノムワイドDNAメチル化データTFから予測されるバイオインフォマティクスパイプラインを開発した。著者らは,パイプラインを国際ヒトエピゲノムコンソーシアムメチロームデータに適用し,393の候補転写因子結合モチーフと,DNA脱メチル化に関連すると思われる383のTFsを選択した。in vitroアッセイを用いた候補TFのサブセットの検証は,種々のTFファミリーからの49TFのうち28がDNA脱メチル化促進活性を有することを示した;bHLHとETSのようなTFファミリーは,活性のある場合と無い場合の両方TFを含んでいた。同定したTFsは,大きな脱メチル化/メチル化CpG比を示し,それらの脱メチル化CpGは,元の細胞での過メチル化に対して有意なバイアスを示した。さらに,同定されたTFsは,TFファミリーメンバー間の標的CpGsのわずかな重複を伴うCpGの異なるセットの脱メチル化を促進し,同定されたTFsの遺伝子オントロジー(GO)項分析の結果と一致した。同定されたTFの遺伝子発現分析は,様々なファミリーからの複数のTFがヒト細胞および組織で特異的に発現していることを明らかにした。まとめると,著者らの結果は,様々なTFファミリー由来の多数のTFが,ヒト細胞発生時の細胞型特異的DNA脱メチル化と関連することを示唆する。Copyright The Author(s) 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *メチル化 ,  *細胞 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  分化 ,  哺乳類 ,  *脱メチル ,  結合部位 ,  ジヌクレオチド ,  遺伝子発現 ,  *転写因子 ,  in vitro実験
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  バイオインフォマティクス ,  CpG ,  *DNA脱メチル , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： DNA脱メチル化 ,  転写因子 ,  IHEC ,  ヒト細胞発生

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： ヒト ,  DNA脱メチル化 ,  転写因子 ,  予測