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J-GLOBAL ID：202202257513713608   整理番号：22A0974223

FragExplorer:GRIDベースフラグメント成長および置換【JST・京大機械翻訳】

FragExplorer: GRID-Based Fragment Growing and Replacement

著者 (2件)： Cross Simon (Molecular Discovery, Kinetic Business Centre, Hertfordshire, U.K.) ,  Cruciani Gabriele (Laboratory for Chemoinformatics and Molecular Modelling, Department of Chemistry, Biology and Biotechnology, University of Perugia, Italy)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 62  号： 5  ページ： 1224-1235  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 既知のリガンドに化学修飾できる理解は,構造に基づく薬物設計の重要な側面であり,ソフトウェアGRIDによって先駆けられたものである。蛋白質結合部位におけるGRID分子相互作用場に最も良くマッチするGRIDユーザを示す明示的な目的を持つFragExplorerを開発し,結合リガンドを出発点として与えた。ユーザはリガンドを成長させ,既存の部分を置換できる。Rグループ探索モードは,すべての潜在的Rグループを同定し,自動的に置換を探索する。足場探索モードはすべての潜在的足場に対して同じである。3点の変動を持つ配位子に対して,R-グループ探索は典型的には1016の潜在的分子の化学空間を探索する。足場探索を含むと,これは1022に増加した。FragExplorerは対話型3D Editor/Designer内で統合されるように設計した。したがって,計算の速度は重要な考察であった。典型的なフラグメント探索は20秒である。フラグメント再予測試験において,FragExplorerは55%の全体的なフラグメント検索速度を示し,より小さなフラグメントに対して69%に増加した。90%のサブ構造整合において,検索率は~80%に増加した。また,このアプローチがオルメサルタンからアジルサルタンへのホップに,またはp38 MAPキナーゼを最適化することが,既知のナノモル阻害剤との類似性を持つ化合物をもたらすかを示した。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  分子間相互作用 ,  化学 ,  タンパク質結合 ,  ドラッグデザイン ,  ソフトウェア ,  結合 ,  化合物 ,  三次元 ,  類似性 ,  *フラグメント ,  配位子 ,  p38MAPキナーゼ ,  アンギオテンシン拮抗薬

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  細胞膜の受容体  (EF04030C)

物質索引 (2件)： アジルサルタン ,  オルメサルタン

タイトルに関連する用語 (4件)： Grid ,  フラグメント ,  成長 ,  置換