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J-GLOBAL ID：202202257661392051   整理番号：22A1111899

祖先的に多様な個体群における遺伝子発現の予測はライフスタイルおよび心臓代謝形質に対する感受性遺伝子座の発見につながる【JST・京大機械翻訳】

Predicted gene expression in ancestrally diverse populations leads to discovery of susceptibility loci for lifestyle and cardiometabolic traits

著者 (46件)： Highland Heather M. (Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Wojcik Genevieve L. (Department of Epidemiology, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Graff Mariaelisa (Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Nishimura Katherine K. (Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109, USA) ,  Hodonsky Chani J. (Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Hodonsky Chani J. (Center for Public Health Genomics, University of Virginia, Charlottesville, VA 22908, USA) ,  Baldassari Antoine R. (Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Cote Alanna C. (Department of Genetics and Genomic Sciences, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Cheng Iona (Department of Epidemiology and Biostatistics, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94143, USA) ,  Gignoux Christopher R. (Colorado Center for Personalized Medicine, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO 80045, USA) ,  Tao Ran (Department of Biostatistics, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, TN 37232, USA) ,  Tao Ran (Vanderbilt Genetics Institute, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, TN 37232, USA) ,  Li Yuqing (Department of Epidemiology and Biostatistics, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94143, USA) ,  Boerwinkle Eric (Human Genetics Center, School of Public Health, The University of Texas Health Science Center, Houston, TX 77030, USA) ,  Fornage Myriam (Human Genetics Center, School of Public Health, The University of Texas Health Science Center, Houston, TX 77030, USA) ,  Fornage Myriam (Brown Foundation Institute for Molecular Medicine, McGovern Medical School, The University of Texas Health Science Center, Houston, TX 77030, USA) ,  Haessler Jeffrey (Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109, USA) ,  Hindorff Lucia A. (Division of Genomic Medicine, NIH National Human Genome Research Institute, Bethesda, MD 20892, USA) ,  Hu Yao (Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109, USA) ,  Justice Anne E. (Department of Population Health Sciences, Geisinger Health System, Danville, PA 17822, USA) ,  Lin Bridget M. (Biostatistics, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Lin Danyu (Biostatistics, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Stram Daniel O. (Preventive Medicine, Keck School of Medicine, University of Southern California, Los Angeles, CA 90033, USA) ,  Haiman Christopher A. (Preventive Medicine, Keck School of Medicine, University of Southern California, Los Angeles, CA 90033, USA) ,  Kooperberg Charles (Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109, USA) ,  Kooperberg Charles (School of Public Health, University of Washington, Seattle, WA 98195, USA) ,  Le Marchand Loic (University of Hawaii, Honolulu, HI 96813, USA) ,  Matise Tara C. (Genetics, Rutgers University, New Brunswick, NJ 08901-8554, USA) ,  Kenny Eimear E. (Institute for Genomic Health, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Carlson Christopher S. (Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109, USA) ,  Stahl Eli A. (Department of Genetics and Genomic Sciences, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Avery Christy L. (Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  North Kari E. (Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Ambite Jose Luis (Information Sciences Institute, University of Southern California, Marina del Rey, CA 90292, USA) ,  Buyske Steven (Statistics, Rutgers University, New Brunswick, NJ 08901-8554, USA) ,  Loos Ruth J. (Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Peters Ulrike (Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109, USA) ,  Peters Ulrike (School of Public Health, University of Washington, Seattle, WA 98195, USA) ,  Young Kristin L. (Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27514, USA) ,  Bien Stephanie A. (Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109, USA) ,  Huckins Laura M. (Department of Genetics and Genomic Sciences, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Huckins Laura M. (Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Huckins Laura M. (Department of Psychiatry, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Huckins Laura M. (Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Huckins Laura M. (Seaver Autism Center for Research and Treatment, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Huckins Laura M. (Mental Illness Research, Education and Clinical Centers, James J. Peters Department of Veterans Affairs Medical Center, Bronx, NY 14068, USA)
資料名： American Journal of Human Genetics  (American Journal of Human Genetics)
巻： 109  号： 4  ページ： 669-679  発行年： 2022年 
JST資料番号： B0360B  ISSN： 0002-9297  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝的因子が複雑な形質と疾患に影響する1つの機構は,遺伝子発現を変化させる。関連組織における遺伝子発現の直接測定は,稀である。しかし,遺伝的に制御された遺伝子発現(GReX)は,大きな多染色体データセットに由来する予測モデルを用いて推定することができる。これらのアプローチは,多くの遺伝子-形質関連の発見をもたらしたが,主にヨーロッパ祖先(EA)参照パネルに由来するモデルが,先祖的に多様な個体群における新しい関連をマッピングできるかどうかは不明である。PrediXcanを,ゲノム学および疫学(PAGE)参加者(アフリカ系アメリカ人,45%ヒスパニック/ラチノ,10%アジア,および7%ハワイ)を用いて,51,520の祖先に多様な集団アーキテクチャで,GReXを,25の鍵となる心臓代謝形質および関連組織を通して102の新規な関連を同定するために,適用した。次に,身長とボディマスインデックス(BMI)に対する英国バイオバンク(UKBB_50k)からの50,000White Britishn参加者のランダムサブセットにおけるそれらに対するPAGEにおける関連を比較した。PAGEにおける47の組織全体で517の会合を同定したが,UKBB_50kは同定せず,形質関連GReXの同定における多様な試料の重要性を示した。PrediXcanモデルで用いた変異体が,サンプリングバイアスを反映する特異的個体群に依存して,整合対照変異体より大陸レベル集団にわたって,より分化しているか,またはそれ以下であった。さらに,PAGEまたはUKBB_50k分析に特異的な同定された遺伝子からの変異体は,両分析で検出された遺伝子より祖先的に分化し,個体群特異的発見の価値を示した。これは,EA由来トランスクリプトーム刺激モデルが非EA集団における新しい関連を同定できることを示唆するが,密接にマッチした参照パネルに由来するモデルは更なる洞察をもたらす。著者らの知見は,組織特異的遺伝子発現の参照データセットにおけるより多様性を要求する。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  突然変異体 ,  *ライフスタイル ,  大陸 ,  *個体群 ,  疫学 ,  計算機アーキテクチャ ,  *遺伝子発現 ,  身長 ,  ボディマスインデックス ,  予測モデル ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： バイオバンク , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (1件)： PrediXcan TWASは多様な遺伝子発現心代謝形質PAGEである

分類 (2件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  集団遺伝学  (EC01040J)

タイトルに関連する用語 (9件)： 個体群 ,  遺伝子発現 ,  予測 ,  ライフスタイル ,  心臓代謝 ,  形質 ,  感受性 ,  遺伝子座 ,  発見