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J-GLOBAL ID：202202257809013877   整理番号：22A1153522

サイトメトリーデータセットにおけるサンプルアノテーションエラー検出のための単純な戦略【JST・京大機械翻訳】

A simple strategy for sample annotation error detection in cytometry datasets

著者 (12件)： Smithmyer Megan E. (Center for Interventional Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Wiedeman Alice E. (Center for Translational Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Skibinski David A. G. (Center for Interventional Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Skibinski David A. G. (Nexelis, 645 Elliot Avenue West, Suite 300, Seattle, Washington, USA) ,  Savage Adam K. (Allen Institute for Immunology, Seattle, Washington, USA) ,  Acosta-Vega Carolina (Center for Translational Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Scheiding Sheila (Center for Translational Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Gersuk Vivian H. (Center for Systems Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  O’Rourke Colin (Center for Interventional Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Long S. Alice (Center for Translational Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Buckner Jane H. (Center for Translational Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA) ,  Speake Cate (Center for Interventional Immunology, Benaroya Research Institute, Seattle, Washington, USA)
資料名： Cytometry. Part A  (Cytometry. Part A)
巻： 101  号： 4  ページ： 351-360  発行年： 2022年 
JST資料番号： A1612A  ISSN： 1552-4922  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 誤った参加者情報によるMisラベリングサンプルまたはデータは,不正確な結論を引き出すために,研究完全性および鉛研究者に影響を及ぼすことができる。これらのタイプの誤差を防ぐための品質管理は,ゲノムデータセットの解析に通常埋め込まれているが,類似の同定戦略は,細胞計測データに対して標準ではない。ここでは,ヒト白血球抗原(HLA)クラスI対立遺伝子の発現を用い,細胞計測データにおける試料同定エラーを検出する方法を示した。主要な免疫細胞タイプを同定するために設計された33マーカーCyTOFパネルを用いて,41人の参加者から3つの縦サンプルにおけるHLA-A*02およびHLA-B*07発現を測定した。3/123試料(2.4%)は,それらの縦対にマッチしないHLA対立遺伝子発現を示した。さらに,これらの同じ3つの試料の細胞計測シグネチャは,qPCR HLAクラスI対立遺伝子データと整合せず,それらがミスマッチとして正確に同定されたことを示唆した。この技法は,縦断データのサイトメトリー分析における試料標識誤差の検出に有用であると結論した。この技法は,断面データの誤差を検出するために,GWASまたはPCRのような別の方法と結合しても使用できる。著者らは,このまたは同様の技術の広範な採用が,サイトメトリーを利用する臨床研究の質を改善することを示唆する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 品質管理 ,  鉛 ,  分析 ,  ゲノム ,  *誤り検出 ,  対立遺伝子 ,  ヒト白血球抗原 ,  完全性 ,  遺伝子発現 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  定量的PCR法
準シソーラス用語： 免疫細胞 ,  臨床研究 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： サンプルスワップ ,  試料混合 ,  品質管理 ,  細胞計測 ,  ヒト白血球抗原 ,  再現性のある研究

分類 (4件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  免疫性疾患・アレルギー性疾患の診断  (GD04020N) ,  生体防御と免疫系研究法  (ED01020Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： サンプル ,  アノテーション ,  エラー検出 ,  戦略