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J-GLOBAL ID：202202258314177458   整理番号：22A0912557

ポリ微生物コミュニティとeDNAを研究する方法としてのリシス-Hi-C【JST・京大機械翻訳】

Lysis-Hi-C as a method to study polymicrobial communities and eDNA

著者 (7件)： Hill Bravada M. (Department of Biological Sciences, Texas Tech University, Lubbock, Texas, USA) ,  Bisht Karishma (Department of Biological Sciences, Texas Tech University, Lubbock, Texas, USA) ,  Atkins Georgia Rae (Department of Biological Sciences, Texas Tech University, Lubbock, Texas, USA) ,  Gomez Amy A. (Department of Biological Sciences, Texas Tech University, Lubbock, Texas, USA) ,  Rumbaugh Kendra P. (Department of Surgery, School of Medicine, Texas Tech Health Sciences Center, Lubbock, Texas, USA) ,  Wakeman Catherine A. (Department of Biological Sciences, Texas Tech University, Lubbock, Texas, USA) ,  Brown Amanda M. V. (Department of Biological Sciences, Texas Tech University, Lubbock, Texas, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 3  ページ： 1029-1042  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物は,特にバイオフィルムと微生物感染において,空間的に構造化された方法で自然コミュニティで相互作用する。次世代配列決定法は,これらのコミュニティの多様性,代謝能,および変異プロファイルに強力な洞察を提供するが,それらは,インタラクトームにおける異なる遺伝子型間のin situ空間近接性の回復に失敗する。Hi-Cは,細胞中のクロマチン架橋を創り,隣接するDNAの同定を助け,de novo集合を改善するために,複雑なミクロビオームの分析を助ける有望な方法である。本研究は,DNA架橋前の初期溶解相を含む修飾Hi-Cアプローチを検討し,隣接細胞クロマチンが架橋され,これが構造化微生物群集における空間-変異動力学の研究に対する新しい道筋を提供できるかどうかを試験した。Pseudomonas aeruginosa,Staphylococcus aureus,およびEscherichia coliの人工多微生物混合物を1~18時間溶解し,Hi-Cのために調製した。マウスバイオフィルム感染モデルを,Hi-Cの前に超音波処理,機械的溶解,または化学的溶解で処理した。生じたHi-C種間クロマチンリンクのバイオインフォマティクス解析は,微生物種が互いに異なるが,一般に,溶解は種間のリンクを著しく増加させ,種内のHi-Cリンクの距離を増加させ,一方,新しいプラスミド-染色体リンクを増加させることを示した。細胞外DNAリンクの作成におけるこの修飾溶解-Hi-Cプロトコルの成功は,嚢胞性線維症肺感染および慢性糖尿病性潰瘍のような局所耐性を有する疾患における潜在的将来応用により,ポリ微生物群落における遺伝子型ミクロ地理を回復させる新しい溶解-Hi-Cベース法に向けた有望な第一段階である。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  溶解 ,  *微生物 ,  大腸菌 ,  *DNA【核酸】 ,  遺伝子型 ,  クロマチン ,  細胞 ,  代謝 ,  *リシス ,  プラスミド ,  Pseudomonas ,  ミクロフローラ ,  生物膜
準シソーラス用語： インタラクトーム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 生物膜構造 ,  DNA架橋 ,  ゲノミクス ,  Hi-C ,  多菌感染症

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 微生物 ,  コミュニティ ,  EDNA ,  研究 ,  リシス ,  Hi-C