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J-GLOBAL ID：202202258380879969   整理番号：22A0735846

Deinococcus radiodurans R1におけるゲノムワイド孤立鎖アデニンメチル化:DR0643依存性アデニンメチル化による遺伝子発現の制御【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide lone strand adenine methylation in Deinococcus radiodurans R1: Regulation of gene expression through DR0643-dependent adenine methylation

著者 (7件)： Joshi Suraj (Molecular Biology Research Laboratory, Department of Zoology, Savitribai Phule Pune University, Pune, India) ,  Joshi Suraj (Molecular Biology Division, Bhabha Atomic Research Centre, Mumbai, 400085, India) ,  Joshi Suraj (Bioinformatics Centre, Savitribai Phule Pune University, Pune, India) ,  Ghosh Payel (Bioinformatics Centre, Savitribai Phule Pune University, Pune, India) ,  Barage Sagar (Amity Institute of Biotechnology, Amity University, Mumbai - Pune Expressway, Bhatan, Post-Somathne, Panvel, Maharashtra, 410206, India) ,  Basu Bhakti (Molecular Biology Division, Bhabha Atomic Research Centre, Mumbai, 400085, India) ,  Deobagkar Deepti D. (Molecular Biology Research Laboratory, Department of Zoology, Savitribai Phule Pune University, Pune, India)
資料名： Microbiological Research  (Microbiological Research)
巻： 257  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： A1209A  ISSN： 0944-5013  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAメチル化は,生物のゲノムにおけるアデニンまたはシトシンの共有結合修飾であり,放射線耐性細菌Deinococcus radiodurans R1を含む多様な微生物で見られる。しかし,以前の知見はアデニンメチルトランスフェラーゼ(DR_0643/Dam1_DR)欠損D.radiodurans変異体におけるある種の遺伝子の抑制または脱抑制を確認したが,Dam1_DR仲介アデニンメチル化の全体的調節側面はほとんど未調査のままである。本研究では,メチル化と遺伝子発現の間の相関を探索するために,D.radiodurans WTとΔdam1変異体のゲノムワイドメチロームと対応するトランスクリプトームを比較した。D.radioduransにおいて,DR_0643ORF(Δdam1)の欠失は,512遺伝子の低メチル化をもたらし,168の遺伝子(99の遺伝子がアップレギュレートされ,69の遺伝子が下方制御された)の差次的発現をもたらした。Dam1_DR(DR_0643)およびDam2_DR(DR_2267)について推定した修飾パターンは,非パリンドロームおよび非定型であった。さらに,D.radiodurans Δdam1でのみアデニンメチル化を示す日和見部位でのメチル化を観察し,D.radiodurans WTでは見られなかった。メチロームとトランスクリプトーム間の相関は,Dam1_DR特異的部位での低メチル化が,遺伝子発現に対する負の効果だけでなく,負の効果も有することを示唆する。アミノ酸代謝,輸送,酸化的リン酸化,クオラムセンシング,シグナル伝達,2成分系,解糖/グルコネオゲネシス,TCAサイクル,グリオキシル酸及びジカルボン酸代謝などの経路がD.radioduransにおけるDam1_DR仲介アデニンメチル化により調節された。DNA修復,組換え,ATPアーゼ及び膜貫通輸送体活性などの過程は,Dam1_DR変異体が放射線ストレスを受けた時に豊富であった。さらに,分子結合とそれに続くMDシミュレーションを用いて,Dam1_DR蛋白質およびS-アデノシルメチオニン間の分子相互作用および結合様式を評価した。メチル化機構へのより良い洞察を得るために,Dam1_DR-SAM複合体もDNA分子とドッキングし,メチル基移動反応中のDNA-Dam1_DR構造相互作用を解明した。要約すると,本研究はD.radiodurans生物学におけるDNAアデニンメチルトランスフェラーゼ(Dam1_DR)の機能的及び構造的側面の両方を研究するための包括的及び統合的アプローチを提示した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 分子間相互作用 ,  *メチル化 ,  DNA【核酸】 ,  クエン酸サイクル ,  *遺伝子 ,  タンパク質 ,  突然変異体 ,  DNA修復 ,  *遺伝子発現 ,  細胞情報伝達 ,  ダウンレギュレーション ,  ジカルボン酸 ,  トランスクリプトーム ,  窒素複素環化合物
準シソーラス用語： Dam1複合体 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： D.radiodurans ,  アデニンメチローム ,  SMRT配列決定 ,  トランスクリプトーム ,  遺伝子調節 ,  バイオフィルム

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (1件)： アデニン

タイトルに関連する用語 (6件)： Deinococcus ,  ゲノム ,  アデニン ,  メチル化 ,  依存性 ,  遺伝子発現