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J-GLOBAL ID：202202258444617343   整理番号：22A0448095

カッサバにおける収量関連形質と澱粉糊化特性のゲノム全体関連マッピングとゲノム予測【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide association mapping and genomic prediction of yield-related traits and starch pasting properties in cassava

著者 (22件)： Phumichai Chalermpol (Department of Agronomy, Faculty of Agriculture, Kasetsart University, Bangkok, Thailand) ,  Phumichai Chalermpol (Center for Agricultural Biotechnology, Kasetsart University, Nakhon Pathom, Thailand) ,  Phumichai Chalermpol (Center of Excellence On Agricultural Biotechnology: (AG-BIO/MHESI), Bangkok, Thailand) ,  Aiemnaka Pornsak (Thai Tapioca Development Institute, Lumpini Tower, Bangkok, Thailand) ,  Nathaisong Piyaporn (Thai Tapioca Development Institute, Lumpini Tower, Bangkok, Thailand) ,  Hunsawattanakul Sirikan (Department of Agronomy, Faculty of Agriculture, Kasetsart University, Bangkok, Thailand) ,  Hunsawattanakul Sirikan (Center for Agricultural Biotechnology, Kasetsart University, Nakhon Pathom, Thailand) ,  Hunsawattanakul Sirikan (Center of Excellence On Agricultural Biotechnology: (AG-BIO/MHESI), Bangkok, Thailand) ,  Fungfoo Phasakorn (Department of Agronomy, Faculty of Agriculture, Kasetsart University, Bangkok, Thailand) ,  Rojanaridpiched Chareinsuk (Thai Tapioca Development Institute, Lumpini Tower, Bangkok, Thailand) ,  Vichukit Vichan (Thai Tapioca Development Institute, Lumpini Tower, Bangkok, Thailand) ,  Kongsil Pasajee (Department of Agronomy, Faculty of Agriculture, Kasetsart University, Bangkok, Thailand) ,  Kittipadakul Piya (Department of Agronomy, Faculty of Agriculture, Kasetsart University, Bangkok, Thailand) ,  Wannarat Wannasiri (Department of Agronomy, Faculty of Agriculture, Kasetsart University, Bangkok, Thailand) ,  Chunwongse Julapark (Department of Horticulture, Faculty of Agriculture Kamphaeng Saen, Kasetsart University, Nakhon Pathom, Thailand) ,  Tongyoo Pumipat (Center for Agricultural Biotechnology, Kasetsart University, Nakhon Pathom, Thailand) ,  Kijkhunasatian Chookiat (Cassava and Starch Technology Research Team, National Center for Genetic Engineering and Biotechnology, Pathumthani, Thailand) ,  Chotineeranat Sunee (Cassava and Starch Technology Research Team, National Center for Genetic Engineering and Biotechnology, Pathumthani, Thailand) ,  Piyachomkwan Kuakoon (Cassava and Starch Technology Research Team, National Center for Genetic Engineering and Biotechnology, Pathumthani, Thailand) ,  Wolfe Marnin D. (Plant Breeding and Genetics Section, Cornell University, Ithaca, NY, USA) ,  Jannink Jean-Luc (United States Department of Agriculture - Agriculture Research Service, Ithaca, NY, USA) ,  Sorrells Mark E. (Plant Breeding and Genetics Section, Cornell University, Ithaca, NY, USA)
資料名： Theoretical and Applied Genetics  (Theoretical and Applied Genetics)
巻： 135  号： 1  ページ： 145-171  発行年： 2022年 
JST資料番号： D0382B  ISSN： 0040-5752  CODEN： THAGA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： キーメッセージ:GWASは,8つの収量関連,ワキシーと野生型澱粉のピーク澱粉タイプ,および21の澱粉糊化特性関連形質(QTLs)を同定した。8つのGSモデルの予測能力は,形質,遺伝率,および遺伝的構造に依存して,低から高い予測可能性をもたらした。カッサバはアフリカ,南アメリカおよびアジアにおける食品および工業作物であるが,収量および澱粉糊化特性を制御する遺伝子の知識は限られている。これらの形質の根底にある分子機構を明らかにし,マーカーに基づく育種アプローチを探索するためのゲノムワイド関連研究を行った。タイのタピオカ開発研究所,熱帯農業の国際センター,国際熱帯農業研究所,および他の育種プログラムから276のキャッサバ遺伝子型のパネルを用いて,パラメトリック,セミパラメトリックおよびノンパラメトリックGSモデルを用いて,ゲノム選択(GS)の予測能力を推定した。キャッサバパネルを遺伝子タイピングによって遺伝子型決定して,89934の単一ヌクレオチド多型(SNP)マーカーを同定した。収率,澱粉タイプ,および澱粉特性形質に関連する合計31のSNPを,固定およびランダムモデル循環確率統一(FarmCPU),Bayes情報および連鎖不均衡反復ネストキーウェイおよび圧縮混合線形モデルによってそれぞれ検出した。GSモデルが開発され,すべての予測方法を用いた前向き予測は,4つの収量関連形質で-0.001-0.71,7つの澱粉糊化特性形質で0.33-0.82の値をもたらした。本研究は,キャッサバ育種プログラムで使用できるマーカー開発のためのこれらの重要な形質の遺伝的構造への更なる洞察を提供する。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 予測技法 ,  遺伝子 ,  遺伝子型 ,  *カッサバ ,  *澱粉 ,  ノンパラメトリック法 ,  *ゲノム ,  *糊化 ,  育種 ,  タピオカ ,  野生型 ,  熱帯農業 ,  一塩基多型 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： 連鎖不平衡 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 作物の品種改良  (FC02030G) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (8件)： サバ ,  収量 ,  形質 ,  澱粉 ,  糊化特性 ,  ゲノム ,  マッピング ,  予測